Docker中的R、Python、rpy2和drc包

Question

我正试图构建一个码头映像来执行python过程，该过程调用(用rpy2)从R.

我使用的是amazonlinux停靠映像，为了使用drc，我有以下几行代码可以通过conda安装它：

RUN conda install -c r rpy2=2.9.4 --yes
RUN conda install -c conda-forge r-drc=3.0_1 --yes

在映像构建中，我输入一个正在运行的容器：

docker run -it --entrypoint bash mydockerName

当我通过R进入R时，它会抛出下一个错误：

Error: package or namespace load failed for 'utils':
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE)
  error: error in running command
Error: package or namespace load failed for 'stats':
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE)
  error: error in running command
During startup - Warning messages:
1: package 'utils' in options("defaultPackages") was not found
2: package 'stats' in options("defaultPackages") was not found

我最近几天一直在谷歌搜索我已经找不到可能的解决方案了.

非常感谢！

西维

Answer 1

rpy2项目有可能构成起点的映像。但是没有使用conda。https://github.com/rpy2/rpy2-docker

如果需要conda，例如查看由jupyter项目管理的映像。

Answer 2

通过安装“哪个”，我在不同的容器类型中解决了类似的问题。这个包在linux环境中经常被忽略，因为有“更好的”替代方案。然而，R包编写者仍然常常依赖于“哪个”。因此，找出如何在您的容器中安装这，它可能会解决这个问题。