在Networkit中检索原始节点名

Question

我不知道Networkit是如何处理节点名称的。

假设我使用另一个Python模块(如Networkx)从edgelist读取一个大图；然后将它转换为一个网络图，然后执行一些操作，比如计算成对距离。这样做的一个简单代码可以是：

import networkx as nx
import networkit as nk

nxG=nx.read_edgelist('test.edgelist',data=True)

G = nk.nxadapter.nx2nk(nxG, weightAttr='weight')

apsp = nk.distance.APSP(G)
apsp.run()
dist=apsp.getDistances()

很简单-很简单。

如果我想用这些距离做点什么呢？例如，如果我想根据路径上的权重，或者任何需要检索原始节点if的其他度量来绘制它们，我不知道呢？

getDistances()函数返回一个列表列表，每个节点与每个其他节点的距离为一个，但我不知道Networkit如何将节点的名称映射到它用作节点标识符的it序列，从而得到计算距离并将其存储在输出中的顺序。

Answer 1

在从networkx创建新图时，NetworKit创建一个字典，将nxG中的每个节点id映射到G中的0到n-1的唯一整数(其中n是节点数)和本指令。不幸的是，nx2nk没有返回这个映射，所以您应该自己创建它。

假设您希望从节点1到节点2的距离，其中1和2是nxG中的节点in。

import networkx as nx
import networkit as nk

nxG=nx.read_edgelist('test.edgelist',data=True)

G = nk.nxadapter.nx2nk(nxG, weightAttr='weight')

# Get mapping from node ids in nxG to node ids in G
idmap = dict((id, u) for (id, u) in zip(nxG.nodes(), range(nxG.number_of_nodes())))

apsp = nk.distance.APSP(G)
apsp.run()
dist=apsp.getDistances()

# Get distance from node `1` to node `2`
dist_from_1_to_2 = dist[idmap['1']][idmap['2']]