放大/调整RDA绘图上的样式

Question

我是R的新手，我正在用vegan和adespatial软件包获得的一些数据绘制一个RDA图表，生成我的图表如下

图生成的

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这张图是正确的，但在美学上它是不好的，因为它的解释是困难的，因为你甚至不能欣赏这些名字，我想要的是能够以某种方式修改标度，以便数据看起来更加分散，从而欣赏数据。

我希望我的图形看起来像这样，你至少可以看到名字的首字母。

样例图

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我生成图形的代码如下

windows(width = 12, height = 10)

par(mar=c(3,3,1,1), mgp=c(2,1,0), cex=0.8, maii=c(0.1,0.1,0.2,0.1))

plot(str.rda, xlab="RDA1 (32.16 %)", ylab="RDA2 (14.46 %)", display=c("cn", "lc", "sp"), type="n", xlim=c(-0.8,0.8),correlation=TRUE)

sites.sc <- scores(str.rda, choices=1:2, scaling=2, display="lc")
points(sites.sc, pch=1, cex=0.5)
text(sites.sc,row.names(sites.sc), cex = 0.6, pos = 4, col = "chocolate1")

va.sc <- scores(str.rda, choices=1:2, scaling=2, display="sp")
sp.names<- c("Americabaetis", "Baetodes", "Camelobaetidius", "Cloeodes", "Nanomis","Varipes","Zelusia","Caenis", "Trichorythodes",  "Lumahyphes","Farrodes","Thraulodes", "Anacroneuria", "Protoptila","Helicopsyche", "Leptonema", "Smicridea", "Alisotrichia", "Celaenotrichia", "Cerasmatrichia", "Hydroptila", "Metrichia", "Neotrichia", "Orthotrichia", "Oxyethira", "Rhyacopsyche", "Chimarra")
text(va.sc[c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27 ),], sp.names[c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27 )], cex=0.8, font=3, pos=3,offset=0.1)

env.sc <- scores(str.rda, choices=1:2, scaling=2, display="bp")
arrows(0,0, env.sc[1:3,1], env.sc[1:3,2], lty=1, lwd=1, col="Blue", length=0.1)

env.names <- c("DQO", "DBO", "Turbidez")
text(env.sc[c(1,2,3),], env.names[c(1,2,3)], cex=0.9, font=2, pos=2,offset = 0.1)

我正在阅读，我发现了几种选择，比如修改xlim (最低值，最高值)和ylim (最低值，最高值)，但是图表总是以同样的方式出现，所以我不知道我能做些什么来从美学上改进它，我感谢您的关注和帮助。

Answer 1

您应该注意的一件事是，使用plot(str.rda)实际上将调用不作为plot.default()行为的vegan:::plot.cca()。为了克服这一问题，您可以简单地使用带有两点的空图：

plot(c(-1, 1), c(-.8, .8), xlab="RDA1 (32.16 %)", ylab="RDA2 (14.46 %)", type="n")
abline(h = 0, v = 0, lty = 2, lwd =.5) # add x=0 and y=0 guide lines
# then you can add the rest of your code

请注意，使用此方法，xlim和ylim的行为将与您预期的一样。希望这能有所帮助。