Python:如何解析和编辑从gxl文件到networkx的所有边缘属性

Question

我有具有节点和边缘属性的GXL文件，如下所示：

<?xml version="1.0"?>
<gxl>
  <graph id="Network" edgeids="true" edgemode="undirected">
    <node id="_103">
      <attr name="OTU"><int>103</int></attr>
      <attr name="Bacteria"><string>Bif</string></attr>
    </node>
    :
    :
    :

<edge from="_103" to="_147">
  <attr name="nlr"><float>0.106</float></attr>
</edge>
<edge from="_103" to="_152">
  <attr name="nlr"><float>0.343</float></attr>
</edge>
    :
    :
    :

我已经与工作示例共享了Googledrive链接：https://drive.google.com/file/d/1HO4B_yLyEOhhRMN6YlmsaHdn2vQ1s1Yw/view?usp=sharing，我使用ElementTree将该文件解析为netwrokx，如下所示：

tree_gxl = ET.parse("CONTROL1.gxl")
root_gxl = tree_gxl.getroot()
node_id = []
edge_attr={}
# Parse nodes
for i, node in enumerate(root_gxl.iter('node')):
    node_id += [node.get('id')]

node_id = np.array(node_id)
# Create adjacency matrix
am = np.zeros((len(node_id), len(node_id)))
##Parsing edges
for edge in root_gxl.iter('edge'):
    s = np.where(node_id==edge.get('from'))[0][0]
    t = np.where(node_id==edge.get('to'))[0][0]
# Undirected Graph
    am[s,t] = 1
    am[t,s] = 1
# Create the networkx graph
G = nx.from_numpy_matrix(am)

我需要执行以下步骤: 1.将边缘属性解析为图G2。解析后，我需要替换边缘属性中的值，如下所示：

(nlr*13.54)-13.54

nlr将被每个边缘属性替换。

我该怎么做呢？

Answer 1

我对此进行了调查，并会以这样的方式解决：

import xml.etree.ElementTree as ET
import numpy as np 
import networkx as nx
import re

G=nx.Graph()

tree_gxl = ET.parse("CONTROL1.gxl")
root_gxl = tree_gxl.getroot()
node_id = []
edge_attr={}
# Parse nodes
for i, node in enumerate(root_gxl.iter('node')):
    node_id += [node.get('id')]

node_id = np.array(node_id)
# Create adjacency matrix
am = np.zeros((len(node_id), len(node_id)))
##Parsing edges
for edge in root_gxl.iter('edge'):
    s = np.where(node_id==edge.get('from'))[0][0]
    t = np.where(node_id==edge.get('to'))[0][0]

    # Get the child node of the current edge for the nrl value
    for node in edge:
      content = ET.tostring(node).decode("utf-8") 
      # Get the nrl value via regex
      r1 = re.findall(r"\d.\d+",content)       

      # Modify value according to: (nlr*13.54)-13.54       
      r1 = (float(r1[0])*13.54)-13.54

    #Add edge with original node names and nlr value to graph
    G.add_edge(node_id[s],node_id[t], nlr=r1)

我不太熟悉xml文件的处理，所以我不知道如何正确地检索浮点值。这就是为什么我通过获取边缘的子元素，然后使用正则表达式来匹配浮点值来解决这个问题的原因。

我还注意到，生成的图形没有原始的节点标签，因为您将其保存到一个矩阵中，而命名就会丢失。

因此，我建议使用NetworkX图中的方法来代替：

add_edge(nodex,nodey, attribute=value)

您可以将代码的输出和我建议的代码与G.edges.data()进行比较，后者将返回具有各自属性的边缘。