错误：$操作符对原子向量- ggtern无效

Question

免责声明: R.

你好!我试图用ggtern包绘制水化学样品的三元图。试图运行以下代码会导致标题错误。

require(ggtern)

datos = read.csv("Li, B, Cl.csv", header = T, sep = ";", stringsAsFactors = FALSE)
names(datos) <- c("Muestra", "Li", "B", "Cl")

x11()
plot <- ggtern(data = datos, mapping = aes(x = as.numeric(datos[["Li"]]), y = as.numeric(datos[["Cl"]]), z = as.numeric(datos[["B"]]))) + geom_point()
plot

据我所知，有一些低级函数需要一个原子向量，但我给ggtern作为输入，data.frame (通过str()检查)。

一旦执行，脚本就不会画任何东西。我的数据格式如下，但分号分隔：

Muestra Li B Cl XYA3030 2.321334755 3.017842551 94.66082269 XEP3609 9.436334248 45.43581846 45.12784729 XEP3606_1 10.12604478 62.68726944 27.18668578 XEP3606_2 5.18367492 34.94305194 59.87327314 XEP3611 5.859786577 18.8098607 75.33035272 XEP3613 13.60173875 49.1191375 37.27912375 XEP3612 13.11960754 27.07316925 59.80722321 XEP3608 6.473636887 15.58523589 77.94112722 XEP3543 16.93515603 46.59573787 36.4691061

这是注释中建议的"dput(datos)“输出。

> dput(datos)

structure(list(Muestra = c("XYA3030", "XEP3609", "XEP3606_1", 
"XEP3606_2", "XEP3611", "XEP3613", "XEP3612", "XEP3608", "XEP3543"
), Li = c(2.321334755, 9.436334248, 10.12604478, 5.18367492, 
5.859786577, 13.60173875, 13.11960754, 6.473636887, 16.93515603
), B = c(3.017842551, 45.43581846, 62.68726944, 34.94305194, 
18.8098607, 49.1191375, 27.07316925, 15.58523589, 46.59573787
), Cl = c(94.66082269, 45.12784729, 27.18668578, 59.87327314, 
75.33035272, 37.27912375, 59.80722321, 77.94112722, 36.4691061
)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -9L))

更新:尝试了我能想出的最简单的代码，但仍然没有成功。我错过了一些基本的东西吗？

library(ggtern)
datos = read.csv("Li_B_Cl.csv", header = T, sep = ";", stringsAsFactors = FALSE)
ggtern(data = datos, mapping = aes(x = Li, y = Cl, z = B)) + geom_point()

更新2：清除RStudio会话和包，重新安装ggtern和ggplot2，然后运行简单的代码。不走运。下面是错误后的回溯：

> datos = read.csv("Li_B_Cl.csv", header = TRUE, sep = ";", stringsAsFactors = FALSE)
> ggtern(data = datos, mapping = aes(x = Li, y = Cl, z = B)) + geom_point()
Error: $ operator is invalid for atomic vectors
> traceback()
17: transform_position(data, panel_params$x$rescale, panel_params$y$rescale)
16: f(...)
15: self$super()$super()$transform(data, scale_details)
14: f(..., self = self)
13: self$transform(ex, scale_details)
12: .get.tern.extremes(self, list(x.range = self$limits$x, y.range = self$limits$y))
11: f(..., self = self)
10: self$coord$setup_panel_params(scale_x, scale_y, params = self$coord_params)
9: (function (scale_x, scale_y) 
   {
       self$coord$setup_panel_params(scale_x, scale_y, params = self$coord_params)
   })(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]])
8: mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
7: Map(setup_panel_params, scales_x, scales_y)
6: f(..., self = self)
5: layout$setup_panel_params()
4: ggplot_build.ggplot(x)
3: ggplot_build(x)
2: print.ggplot(x)
1: (function (x, ...) 
   UseMethod("print"))(x)

Answer 1

更改为aes中的名称为我修复了它：

library(ggtern)
ggtern(data = datos, mapping = aes(x = Li, y = Cl, z = B)) + geom_point()

​

​

通常，aes使用名称(或符号)，意思是无引号。有时，这是不可取的，例如，您要么不提前知道名称，要么因为另一个原因而想通过编程方式这样做。在有变量名称字符串的情况下，也可以这样做：

ggtern(data = datos, mapping = aes_string(x = "Li", y = "Cl", z = "B")) + geom_point()

(或者var1 <- "Li"，然后是aes_string(x=var1, ...))。

还有其他使用quos之类的rlang-ways来做事情，不一定与您的问题相关。

另一件要考虑的事情是，通常你指的是变量，而不是向量。在您的代码中，您有x = as.numeric(datos[["Li"]])，它试图传递一个值的向量。这似乎是有道理的，虽然这是行不通的。允许ggplot2 (和ggtern，通过继承)管理数据的一个最好的原因是做一些技巧，否则需要更多的外部/手动跟踪。例如，您可以让一个层只处理数据的一个子集：

ggtern(data = datos, mapping = aes(x = Li, y = Cl, z = B)) + geom_point() +
  geom_point(color = "red", data = ~ subset(., grepl("XYA", Muestra)))
# the "." means "data as it exists so far" ^^^

(将一个“红色”点涂成红色，而不必自己去处理)。当您传递给ggplot(data=...)或ggplot(data=...)的数据是预先过滤的和/或在管道的末尾时，这尤其有用，否则您必须以层的形式重新创建数据。所以..。使用名称/符号，不要试图使用向量。

Answer 2

使用install.packages(url, repos=NULL, type="source")和惊喜手动重新安装由@r2evans (ggplot2-3.2.1，ggtern-3.1.0)指示的软件包版本！啊，真灵。我正在运行R3.6.3，如果相关的话。