conda更新后的conda环境中断

Question

在广泛使用conda一段时间之后，我昨天被要求更新它，现在事情看起来很糟。我不得不承认，我不是幕后所发生的事情的专家，所以请原谅我:)

在安装conda之后，我使用pip来安装各种软件包。昨天，我开始编写git教程中的一些代码，该教程建议创建一个可以使用的即席环境：

conda env create -f binder/environment.yml

在这个步骤中，我被建议更新conda，因为我使用的是旧版本。在我的终端中找不到特定的消息(也就是说，我找不到我以前使用的conda版本)，但是下面是我检查conda版本时得到的信息：

(base) francesco ~$ conda list conda
# packages in environment at /Users/francesco/anaconda3:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_anaconda_depends         2019.03                  py36_0  
anaconda                  custom                   py36_1  
anaconda-client           1.7.2                    py36_0  
anaconda-navigator        1.8.7                    py36_0  
anaconda-project          0.8.4                      py_0  
conda                     4.8.3                    py36_0  
conda-build               3.10.5                   py36_0  
conda-env                 2.6.0                h36134e3_0  
conda-package-handling    1.6.0            py36h1de35cc_0  
conda-verify              3.4.2                      py_1  

更新后我注意到的一件事是，为了激活/禁用环境，我必须使用conda activate/deactivate <env>而不是source activate/deactivate <env>。

之后，我在新环境中处理代码，没有任何问题。

今天，我试图激活我所使用的主要环境，但是我首先被要求“插入”我的shell：

conda init bash

在那之后，我激活了我的“平常”环境：

conda activate testenv

我试着启动木星实验室，但我发现了一个错误：

(testenv) francesco ~$ jupyter lab
Error executing Jupyter command 'lab': [Errno 2] No such file or directory

这是怎么回事？为什么木星实验室在我通常的环境下不再工作了？

我检查了testenv中的安装，情况看上去还不错：

(testenv) francesco ~$ conda list | grep jup
jupyter                   1.0.0                    py37_7  
jupyter_client            5.2.4                    py37_0  
jupyter_console           6.0.0                    py37_0  
jupyter_core              4.4.0                    py37_0  
(testenv) francesco ~$ pip list | grep jup
jupyter                  1.0.0   
jupyter-client           5.2.4   
jupyter-console          6.0.0   
jupyter-core             4.4.0   
(testenv) francesco ~$ 

有人知道这是怎么回事吗？这对我来说是个大问题，因为conda/jupyter实验室是我工作时使用的主要工具:\

Answer 1

通常的做法是只在一个Conda环境中安装木星(如果是Anaconda用户，通常是您的base env )，并且总是从那里启动。要在木星中使用其他Python，需要在这些env中安装ipykernel，例如，

conda install -n testenv ipykernel

此外，为了避免注册额外的env，建议在env中安装nb_conda_kernels，例如，

conda install -n base nb_conda_kernels

顺便提一句，用Pip安装东西会使环境不稳定。我强烈建议学习和坚持记录的最佳做法。

Answer 2

@FrancescoLS您似乎安装了一个旧版本的Conda (？)正如变化量g所指出的，在Conda v4.4.0中，source activate被反对为支持conda activate (Anaconda的"如何为conda 4.4的发布做准备“帖子中也提到了这一点)。

在任何可行的方式下，这确实不是一个“答案”，但似乎并不是只有您在Conda更新中破坏了人们的环境。

• 超级用户: Conda更新conda会做额外的事情，并破坏我的anaconda安装。
• Conda问题#8842: Conda在更新期间删除所有模块
• 还有更多。:/

我认为可以安全地说，在升级期间保持虚拟环境的安全是很难做到的，而在跨虚拟环境维护人员(Conda)进行重大升级时，这就更加困难了。这也是我个人努力让我的所有项目虚拟环境都在原生Python3 venv虚拟环境中使用pip或者通过诗词来维护的原因之一(因为它们比使用Conda的较慢的解决程序要快得多(或者至少以前是这样)，然后只在需要引入多个外部二进制应用程序时才使用Conda。

您是否能够为您的工作创建一个新的Conda环境，从而有效地恢复它(可能从您自己的environment.yml文件中恢复该环境)？