R:变长在Wilcoxon检验中的不同

Question

试图看看DMSO治疗和EPZ治疗在DAPI上是否有显着性差异。我的数据集有三个变量，每个治疗组都有不同数量的个体。以下是我为给出一幅图片而编造的数据：

• 处理DAPO DAPU
• DMSO 20 30 40
• DMSO 24 26 42
• DMSO 23 24 39

H 19 EPZ0.5uM 10 25 22H 210H 111EPZ0.5uM 12 24 22H 212H 113EPZ0.5uM 24 24 30<代码>H 214/代码>H 115Z0.5uM 20 20 32H 216F 217

(对不起，我不知道如何在堆栈溢出时格式化表)

导入数据集后，我完成了以下操作：EPZDMSO<-EPZdata[which(EPZdata$Treatment=="DMSO"),] EPZ0.5uM<-EPZdata[which(EPZdata$Treatment=="EPZ0.5uM"),]

尝试使用wilcox.text：wilcox.test(EPZDMSO$DAPI~EPZ0.5uM$DAPI,data=EPZdata,mu=0,alt="two.sided",conf.int=T,conf.level=0.95,paired=FALSE,exact=T,correct=T)

但是得到以下错误消息：Error in model.frame.default(formula = EPZDMSO$DAPI ~ EPZ0.5uM$DAPI, data = EPZdata) : variable lengths differ (found for 'EPZ0.5uM$DAPI')

我需要纠正不平衡的数据吗？

Answer 1

您已经接近了，只需要子集到DAPI列。

这是手册页，help(wilcox.test)。

wilcox.test(x，y=空，two.sided= c("two.sided"，“较少”，“更大”)，mu = 0，配对=假，精确=空，正确=真，conf.int =假，conf.level = 0.95，.)

参数

数据值的数字向量。非有限值(例如，无限值或缺失值)将被省略。

Y是数据值的一个可选的数值向量:与x的非有限值一样，将省略.

因此，比较两组与wilcox.test，x和y应作为数据的载体。

wilcox.test(x = EPZDMSO$DAPI, y = EPZ0.5uM$DAPI,
            mu=0, alt="two.sided", conf.int=T, conf.level=0.95,
            paired=FALSE, exact=T, correct=T)

    Wilcoxon rank sum test with continuity correction

data:  EPZDMSO$DAPI and EPZ0.5uM$DAPI
W = 11.5, p-value = 0.07446
alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0
95 percent confidence interval:
  0 14
sample estimates:
difference in location 
              9.497565 

数据

EPZdata <- structure(list(Treatment = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 
2L), .Label = c("DMSO", "EPZ0.5uM"), class = "factor"), DAPI = c(20L, 
24L, 23L, 10L, 12L, 14L, 20L), DAPO = c(30L, 26L, 24L, 25L, 24L, 
24L, 19L), DAPU = c(40L, 42L, 39L, 22L, 22L, 30L, 32L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-7L))
EPZDMSO<-EPZdata[which(EPZdata$Treatment=="DMSO"),]
EPZ0.5uM<-EPZdata[which(EPZdata$Treatment=="EPZ0.5uM"),]