平滑geom_ribbon

Question

我用geom_line和geom_ribbon (图1)创建了一个情节，结果是可以的，但为了美观起见，我希望线条和丝带更加流畅。我知道我可以用geom_smooth来表示线条(图2)，但我不确定是否可以平滑核糖核酸，我可以为丝带的顶部和底部创建一条geom_smooth线(图3)，但这两条线之间是否存在填充空间呢？

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Answer 1

实现所需目标的一种原则方法是使用mgcv中的gam()函数将GAM模型与您的数据相匹配，然后在更精细的预测变量值网格上将预测()函数应用于该模型。网格可以覆盖由预测变量的观察值范围定义的跨度。下面的R代码举例说明了这个过程。

# load R packages
library(ggplot2)
library(mgcv)

# simulate some x and y data 
# x = predictor; y = response
x <- seq(-10, 10, by = 1) 
y <- 1 - 0.5*x - 2*x^2 + rnorm(length(x), mean = 0, sd = 20)
d <- data.frame(x,y)

# plot the simulated data 
ggplot(data = d, aes(x,y)) + 
geom_point(size=3)

# fit GAM model
m <- gam(y ~ s(x), data = d) 

# define finer grid of predictor values
xnew <- seq(-10, 10, by = 0.1) 

# apply predict() function to the fitted GAM model
# using the finer grid of x values
p <- predict(m, newdata = data.frame(x = xnew), se = TRUE) 
str(p) 

# plot the estimated mean values of y (fit) at given x values
# over the finer grid of x values;
# superimpose approximate 95% confidence band for the true 
# mean values of y at given x values in the finer grid
g <- data.frame(x = xnew, 
            fit = p$fit,
            lwr = p$fit - 1.96*p$se.fit, 
            upr = p$fit + 1.96*p$se.fit)

head(g) 

theme_set(theme_bw())

ggplot(data = g, aes(x, fit)) + 
geom_ribbon(aes(ymin = lwr, ymax = upr), fill = "lightblue") + 
geom_line() + 
geom_point(data = d, aes(x, y), shape = 1)

如果要使用lm()函数对数据拟合多项式回归模型，同样的原则也适用。