在Snakemake参数部分使用特殊符号

Question

我创建了以下snakemake规则：

rule cutadapt:
    input:
        input
    output:
        output
    log:
        logs
    params:
        "-a 'A{100}' --nextseq-trim=20 -m 20"
    wrapper:
        "0.50.4/bio/cutadapt/se"

我得到以下错误消息：

不能从输出文件中确定params中的

通配符。

由于{}，Snakemake将-a 'A{100}'实现为通配符。我试图通过-a 'A{{100}}'转义{}，但是它会产生相同的错误。

是否有机会在snakemake规则中转义参数部分？

谢谢

Answer 1

这个补丁看起来有点难看(请参阅问题https://bitbucket.org/snakemake/snakemake/issues/584/unable-to-escape-curly-braces-in-params) --我不知道是否已经实现了更好的解决方案。

基本上，使用一个虚拟lambda函数：

lambda wc: "-a 'A{100}' --nextseq-trim=20 -m 20"

Answer 2

Snakemake使用Python格式，因此您可以用另一个大括号转义卷曲大括号：

"-a 'A{{100}}' --nextseq-trim=20 -m 20"