在bash中连接文件时保存头

Question

我有这两个选项卡分开的文件：

fileA.tsv

probeId    sample1_betaval    sample2_betaval    sample3_betaval
   a              1                  2                  3
   b              4                  5                  6
   c              7                  8                  9

fileB.tsv

probeId       region      gene
   a         intronic      tp53
   b         non-coding     NA 
   c         exonic         kras

由于它们已经按照probeId进行了排序，所以我合并了两个文件：

join -j 1 fileA.tsv fileB.tsv -t $'\t' > complete.tsv

问题是输出不保存标题：

   a              1                  2                  3           intronic    tp53
   b              4                  5                  6           non-coding   NA
   c              7                  8                  9            exonic      kras

而我想要的输出是：

probeId    sample1_betaval    sample2_betaval    sample3_betaval     region     gene
   a              1                  2                  3           intronic    tp53
   b              4                  5                  6           non-coding   NA
   c              7                  8                  9            exonic      kras

我怎样才能做到这一点？

Answer 1

如果您的join提供了--header选项，请添加它：

join --header -j 1 fileA.tsv fileB.tsv -t $'\t' > complete.tsv

Answer 2

请你试一试(万一你还好)。

awk '
FNR==NR{
  array[$1]=$0
  next
}
($1 in array){
  print array[$1],$2,$3
}
'  filea  fileb | column -t

编辑： from case OP在fileb中有许多列，并且希望打印除第1列之外的所有列，然后尝试如下。

awk '
FNR==NR{
  array[$1]=$0
  next
}
($1 in array){
  val=$1
  $1=""
  sub(/^ +/,"")
  print array[val],$0
}
'  filea  fileb | column -t