R-根据同一行中的字符串修改值列

Question

我对R非常陌生，很抱歉用这样一个简单的问题来打扰你。

我有一个大的数据框架(完整的数据框架有25列，几百万行)，包含肽光谱库的信息(参见下面的示例)。

我正在通过将它们的缩写(UniMod:XXX)写入肽序列(PeptideSequence)来向基库中引入修改。我所剩下的就是根据我的修饰和电荷(PrecursorCharge)的发生来更新肽质量(PrecursorCharge)。因此，对于每个"(UniMod:259)“部分字符串，我必须将相应的质量增加8 (UniMod:267)，除以电荷(电荷并不总是3，对不起)。例如，修改后的第一行应在对序列中的修改进行因子分解后读取714.64876。

PrecursorMz PeptideSequence PrecursorCharge 709.31543 AAAEK(UniMod:259)LFGNMEGDCPSDWK(UniMod:259) 3 709.31543 AAAEKLFGNMEGDCPSDWK(UniMod:259) 3 529.58044 AK(UniMod:259)LWCSTTADYDR(UniMod:267) 3

非常感谢，并将提供和补充您可能需要的信息。

Answer 1

使用来自stringr::str_count的stringr (tidyverse的一部分)

library(tidyverse)

df %>%
map_if(is.factor, as.character) %>%
  mutate(
    PrecursorMz = PrecursorMz + (
      8 * str_count(PeptideSequence, "UniMod:259") + 10 * str_count(PeptideSequence, "UniMod:267")
    ) / PrecursorCharge,
    PrecursorMz = format(round(PrecursorMz, 5), nsmall = 5)
  )
# A tibble: 3 x 3
  PrecursorMz PeptideSequence                             PrecursorCharge
  <chr>       <chr>                                                 <dbl>
1 714.64876   AAAEK(UniMod:259)LFGNMEGDCPSDWK(UniMod:259)               3
2 711.98210   AAAEKLFGNMEGDCPSDWK(UniMod:259)                           3
3 535.58044   AK(UniMod:259)LWCSTTADYDR(UniMod:267)                     3