在使用FUMA时有一些错误,所以我尝试使用rename()来更改变量名。但这句话是错误的:
#download.file("ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gwas/summary_statistics/JansenIE_30617256_GCST007320/AD_sumstats_Jansenetal_2019sept.txt.gz", "AD_sumstats_Jansenetal_2019sept.txt.gz")
AD_GCST007320 <- read.delim("AD_sumstats_Jansenetal_2019sept.txt.gz", header = T, stringsAsFactors = F)
AD_GCST007320 <- select(AD_GCST007320, CHR, BP, A1, A2, SNP, Z, P, Nsum, EAF, BETA, SE)
rename(AD_GCST007320, p-value = P)错误:“重命名”中的意外'=‘(AD_GCST007320,p-value =)
我已经检查了使用- in p值出现的错误。所以我想知道如何使用rename()。
发布于 2020-05-07 13:59:06
嗯,从技术上讲,你可以用这样的名字
rename(AD_GCST007320, `p-value` = P)但是,我非常不鼓励您这样做,因为每次您都需要使用backticks来引用该列。正如Magnus所写的,请使用例如_或.。
发布于 2020-05-07 08:23:19
问题是-是一个特殊的字符(减号)。用_或.代替它,你会没事的。
请参阅:https://www.dummies.com/programming/r/how-to-successfully-follow-naming-conventions-in-r/
https://stackoverflow.com/questions/61652256
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