通过Nibabel加载Nifti并使用shape函数

Question

我有一个nifti文件1.nii.gz

​

​

现在，我从来没有处理过nifti文件。

所以，只要使用这个软件打开它，我就意识到nii.gz是一种容器，包含3数组的2d图片。事实上，如果我滚动鼠标，我可以看到448 2d图片的“方向”在图片中标记为1,448 2d图片的“方向”2和252d图片的“方向”3。

在此之后，我打开了shell，并尝试在Nibabel库中使用这个nii.gz。

import nibabel as nib
img = nib.load(1.nii.gz)

但是，如果我打字

img.shape

结果是(448,448,25)，所以这个.nii.gz似乎是一个3d矩阵，而不是一个包含2d图片的3数组的容器。你能解释一下吗？

Answer 1

Nifti是一种医学图像格式，用来存储图像和伴生数据，图像通常是灰度的，它们被作为切片，每个切片都有不同的身体横截面。

将所有的切片存储在同一个数组中，有时它们在不同的时间取片，因此有时会向数组中添加一个第四维的。

因此，要显示这些图像，或者对它们进行操作，您可以对它们进行切片，并查看其内部的图像。

在您的示例中，数据的形状(448,448,25)告诉我们：

有25张图像(切片)，尺寸为448x448。

import nibabel as nib
import matplotlib.pyplot as plt

# Change the path to your path
path = 'path to img.nii.gz'
Nifti_img  = nib.load(path)
nii_data = my_img.get_fdata()
nii_aff  = my_img.affine
nii_hdr  = my_img.header
print(nii_aff ,'\n',nii_hdr)
print(nii_data.shape)
if(len(nii_data.shape)==3):
   for slice_Number in range(nii_data.shape[2]):
       plt.imshow(nii_data[:,:,slice_Number ])
       plt.show()
if(len(nii_data.shape)==4):
   for frame in range(nii_data.shape[3]):
       for slice_Number in range(nii_data.shape[2]):
           plt.imshow(nii_data[:,:,slice_Number,frame])
           plt.show()