RNA seq数据的富因子气泡图

Question

我试图制作一个气泡图，展示来自RNA seq实验的KEGG通路信息。我希望y轴表示路径项，x表示丰富的因子，气泡根据p-vale表示，气泡的大小基于基因数。我附上了我想要做的东西的图片(表1-我的输入数据)和我想要它的例子(图1-气泡图示例)。

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Answer 1

首先，请注意，通过图像共享数据集是非常糟糕的形式，因为图像无法以任何方式导入以复制数据集。在这种情况下，我不得不通过data.frame()函数将所有内容输入R中。对于其他问题，我建议您通过粘贴dput(your.df)的输出，或者使用mtcars、iris或diamonds之类的示例数据集来问您的问题。

话虽如此，我将尝试复制您使用ggplot2显示的图像，假设您的数据集中的列是df$pathway_terms、df$rf、df$pval和df$gene，如您的图像所示。

您希望将size=和color=美学的传说和调整与您的数据集相关联，所以我在调用中包括了这些。我在这里使用geom_point()作为主要的空间，然后是调整比例颜色的问题(如彩虹在您的.所以我用彩虹)，和一些主题来匹配你分享的东西。下面是：

ggplot(df, aes(x=rf,y=pathway_term)) +
  geom_point(aes(color=pval,size=gene)) +
  scale_color_gradientn(colours = rainbow(5)) +
  labs(
    x='Rich Factor', y=NULL,
    color='P-value',size='Gene\nnumber'
  ) +
  theme(
    axis.title = element_text(face='bold'),
    axis.text = element_text(face='bold')
  )

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