多个数据集的相关热图

Question

我正在和niftis (神经成像格式)一起工作，观察大脑的三维体积。

我想把实验和大脑活动进行比较。

因此，我有大约20个nifti格式的实验文件。

和4个大脑活动文件也以nifti格式。

它们具有相同的大脑维数，并在大脑的特定区域/像素上显示一些值。

我如何绘制一个sns.heatmap，它在x轴上有所有实验，在y轴上有所有活动文件。然后，我希望看到一个热图相关图，并以热图颜色绘制相关值。

我刚为熊猫找到了sns.heatmap的地块。有人能帮忙吗？

我一开始

import nibabel as nib

exp1 = nib.load("exp1.nii")
exp1= exp1.get_fdata()

act1 = nib.load('act1.nii.gz')
act1 = act1.get_fdata()

exp1，und act1被解读为维数(57，66，40)的float64。

有人有主意吗？

示例数据：

act1[20,:,:]
Out[4]: 
array([[ 0.02153977,  0.03817031,  0.10424001, ...,  1.38311863,
         0.86190647,  0.36399585],
       [ 0.02117901,  0.03277704,  0.05148495, ...,  0.47603241,
         0.36187041,  0.16624629],
       [ 0.01256184,  0.02604919,  0.0477814 , ...,  0.13270944,
         0.11138337,  0.0545687 ],
       ...,
       [-1.        , -1.        , -1.        , ..., -1.        ,
        -1.        , -1.        ],
       [-1.        , -1.        , -1.        , ..., -1.        ,
        -1.        , -1.        ],
       [-1.        , -1.        , -1.        , ..., -1.        ,
        -1.        , -1.        ]])

exp1[20,:,:]
Out[8]: 
array([[0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],
       [0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],
       [0., 0., 0., ..., 0.23, 0.21, 0.11],
       ...,
       [0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],
       [0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.],
       [0., 0., 0., ..., 0., 0., 0.]])

Answer 1

如果您想要使用sns/seaborn绘制相关矩阵，则首先需要以图像(.nii)格式提取粗体信号。

您可以使用尼尔温软件包提取特定感兴趣的地图集的粗体时间序列信号(如由90 ROIs组成的AAL图谱)。

然后，您可以绘制相关图，以查看ROI之间的相关性。

希望这能有所帮助