如何对anova进行特殊测试

Question

如何对anova而不是aov命令执行自定义测试。例如：

anova(cap.res,
 by = "terms",
 step = 1000)

在得到anova结果之后，我想要一个临时比较。我有三个比较，"N"，"C“和"S”。

Answer 1

这是很久以前发布的，但为了澄清万一有人发现了这一点，anova和aov有相似的名称，但功能是无与伦比的。查看帮助页面，您可以看到anova函数实际上用于通过表比较模型，而aov函数仅用于经典的ANOVA测试。例如：

#### Load Library ####
library(rstatix)

#### Fit LR, AOV, and ANOVA ####
fit <- lm(Sepal.Width ~ Species,
          data=iris)
fit2 <- anova(fit)
fit3 <- aov(fit)

#### Run Tukeys ####
tukey_hsd(fit)
tukey_hsd(fit2)
tukey_hsd(fit3)

如果运行fit和fit3，基本上可以得到相同的Tukey：

# A tibble: 3 × 9
  term   group1 group2 null.…¹ estim…² conf.…³ conf.…⁴    p.adj p.adj…⁵
* <chr>  <chr>  <chr>    <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>    <dbl> <chr>  
1 Speci… setosa versi…       0  -0.658 -0.819   -0.497 3.1 e-14 ****   
2 Speci… setosa virgi…       0  -0.454 -0.615   -0.293 1.36e- 9 ****   
3 Speci… versi… virgi…       0   0.204  0.0431   0.365 8.78e- 3 **     
# … with abbreviated variable names ¹​null.value, ²​estimate, ³​conf.low,
#   ⁴​conf.high, ⁵​p.adj.signif

这是因为在很多方面，线性回归和anova在功能上是等价的。但是，在使用fit2进行相同操作时会出现错误。

Error in tukey_hsd.data.frame(fit2) : 
  argument "formula" is missing, with no default

如果您查看帮助页面，它在这里寻找的公式是aov或lm类：

Arguments
x   
an object of class aov, lm or data.frame containing the variables used in the formula.