PDB retrieve_pdb_file方法的“所需结构不存在”

Question

使用Biopython的Bio.PDB.PDBList从PDB下载一些蛋白质数据

这是一分钟。可复制的例子：

from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('1GAV', file_format="pdb")

这将返回：

Downloading PDB structure '1GAV'...
Desired structure doesn't exists

所需的行为是将PDB文件下载到工作目录。

可能有用的信息：

• 使用python 3
• 不想下载整个PDB，只需选择文件
• 使用代理，但我不认为这是问题，因为Biopython使用urllib发出请求，我尝试使用urllib与我的代理设置，它运行良好。
• 我尝试了几个不同的PDB代码/ it和其他文件类型("mmCif"，"bundle")，它返回相同的内容
• 没有错误被击中，它只是找不到文件在PDB显然？
• 文件应该出现的文件夹是在工作目录中创建的，但是文件夹是空的。

Answer 1

我们认为这个问题与我们的公司VPN有关，因为它在VPN关闭时工作(尽管代理仍在运行)。所以，正如sammam所说，代码中没有问题。

不知道为什么这会发生在我们的VPN，将更新，如果我发现。

Answer 2

我得到了同样的错误消息，我查看了源代码，发现每当IOError被击中时，“所需的结构不存在”消息输出。