用于DICOM Monochrome2绘制的像素映射

Question

试图将dicom monochrome2呈现到HTML5画布上

1. 从灰度到画布rgb的正确像素映射是什么?

- Currently using **incorrect** mapping of
const ctx = canvas.getContext( '2d' )    const imageData = ctx.createImageData( 512, 512 )    const pixelData = getPixelData( dataSet )     let rgbaIdx = 0    let rgbIdx = 0    let pixelCount = 512 \* 512    for ( let idx = 0; idx < pixelCount; idx++ ) {        imageData.data[ rgbaIdx ] = pixelData[ rgbIdx ]        imageData.data[ rgbaIdx + 1 ] = pixelData[ rgbIdx + 1 ]        imageData.data[ rgbaIdx + 2 ] = 0        imageData.data[ rgbaIdx + 3 ] = 255        rgbaIdx += 4        rgbIdx += 2    }    ctx.putImageData( imageData, 0, 0 )        

1. 通过开放源码库阅读，不太清楚怎么做，请您建议清楚地介绍如何呈现？

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图1.不正确的映射

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图2.正确的映射，dicom显示在IrfanView中

Answer 1

结果证明了需要做的四件主要事情(阅读fo-dicom源代码来找出这些事情)

1. 制备Monochrome2 LUT

导出const LutMonochrome2 = () => { let lut = [] for (设idx = 0，byt = 255；idx++，byt-){ // r，g，b，a lut.push( byt，0xff )}返回lut }

1. 将像素数据解释为无符号短

导出const bytesToShortSigned =(字节) => { let byteA =1 let byteB =byteB 0 let pixelVal const符号= byteA & (1 << 7)；pixelVal =(byteA& 0xFF) << 8) << (byteB & 0xFF))；if (符号){ pixelVal =0xFFF0000 pixelVal；//使用1's }返回pixelVal返回的最重要位

}

1. 得到最小和最大像素值，然后计算WindowWidth，最终将每个像素映射到Monochrome2颜色映射。

导出const getMinMax =( pixelData ) => { let pixelCount = pixelData.length let min = 0，max =0 for (设idx = 0；+= 2){ let pixelVal = bytesToShortSigned( [ pixelDataidx，pixelDataidx+1 ]) if (pixelVal < min) min = pixelVal if (pixelVal > max) max = pixelVal }返回{ min，max }

1. 最终抽签

({ dataSet，画布}) => { const monochrome2 = LutMonochrome2() const ctx = canvas.getContext( '2d‘) const imageData = ctx.createImageData( 512,512 ) const pixelData = getPixelData( dataSet )让pixelCount = pixelData.length使{ min: minPixel，max: maxPixel }= getMinMax( pixelData - )；让=(+)/ 2.0；()让=0( let idx = 0；idx <；+= 2){ let pixelVal = bytesToShortSigned( [ pixelDataidx，pixelDataidx+1 ])设binIdx = Math.floor( (pixelVal - minPixel) / windowWidth * 256 )；设displayVal = monochrome2 binIdx if ( displayVal == null ) displayVal = 0，0，0,255 imageData.data rgbaIdx = displayVal imageData.data rgbaIdx +1= displayVal1 imageData.data rgbaIdx +2= displayVal2 imageData.data rgbaIdx +3= rgbaIdx 4}(，0，0)}en23#

Answer 2

这里有两个问题:您的单色数据的分辨率(例如值范围)比在RGB中显示的要高，所以您不能直接将像素数据映射到RGB数据中。

值范围取决于Bits Stored标记-对于典型的值12，数据范围将为4096。最简单的实现可以将这个数字缩小，在本例中是16。

代码的第二个问题:要在RGB中表示单色值，必须添加3个具有相同值的颜色组件：

let rgbaIdx = 0
let rgbIdx = 0
let pixelCount = 512 * 512
let scaleFactor = 16 // has to be calculated in real code
for ( let idx = 0; idx < pixelCount; idx++ ) {
    # assume Little Endian
    let pixelValue = pixelData[ rgbIdx ] + pixelData[ rgbIdx + 1 ] * 256
    let displayValue = Math.round(pixelValue / scaleFactor)
    imageData.data[ rgbaIdx ] = displayValue
    imageData.data[ rgbaIdx + 1 ] = displayValue
    imageData.data[ rgbaIdx + 2 ] = displayValue
    imageData.data[ rgbaIdx + 3 ] = 255
    rgbaIdx += 4
    rgbIdx += 2
}

为了得到更好的表示，你必须考虑到VOI LUT，而不仅仅是缩小比例。如果定义了Window Center / Window Width标记，则可以计算最小值和最大值，并从该范围获得比例因子：

let minValue = windowCenter - windowWidth / 2
let maxValue = windowCenter + windowWidth / 2
let scaleFactor = (maxValue - minValue) / 256
...
   let pixelValue = pixelData[ rgbIdx ] + pixelData[ rgbIdx + 1 ] * 256
   let displayValue = max((pixelValue - minValue) / scaleFactor), 255)
   ...

编辑:正如@WilfRosenbaum所观察到的:如果您没有VOI (如WindowCenter和WindowWidth的空值所建议的那样)，那么最好自己计算一个。为此，必须计算像素数据的最小/最大值：

let minValue = 1 >> 16
let maxValue = 0
for ( let idx = 0; idx < pixelCount; idx++ ) {
    let pixelValue = pixelData[ rgbIdx ] + pixelData[ rgbIdx + 1 ] * 256
    minValue = min(minValue, pixelValue)
    maxValue = max(maxValue, pixelValue)
}
let scaleFactor = (maxValue - minValue) / 256

然后使用与VOI LUT相同的代码。

几个注意事项：

• 如果您有一个模式LUT，您必须在value之前应用它；CT图像通常有一个(Rescale斜率/RescaleIntercept)，尽管这个只有一个标识LUT，所以您可以忽略它
• 您可以有多个WindowCenter / WindowWindow值对，或者可能有一个value序列，这在这里也没有考虑--
• --代码超出了我的大脑，所以它可能有bug

< code >F 215