试图使用R中的函数在数据帧中创建新列

Question

我有一个大的数据框架，我想为R中的数据框架创建一个新的列，但我正在挣扎。我是一个相对初学者，我将非常感谢一些帮助。

本质上，我希望根据个人的峰值和基线肌酐测量，以及他们是否进行过肾脏替代治疗(RRT)，根据以下标准创建AKI分期的新专栏：

第1阶段:峰值Cr /基线Cr =1.5-1.9或峰值Cr≥基线Cr+ 26.5mmol/l)

第二阶段:峰值Cr /基线Cr=2.02.9

第三阶段:峰值Cr /基线cr≥3或峰值cr≥353.6mmol/l或启动RRT

我的数据如下所示，其中有三个主要变量。

head(data)
 Peak.Creatinine.1 baseline.Cr.within.12.months new.RRT
1               421                           82       1
2               659                           98       1
3               569                           89       1
4               533                          113       1
5               533                          212       1
6               396                           65       1

我想创建一个名为"AKI.stage“的新列，它返回一个数字0、1、2、3或4。

akistage <- function(peak_cr, bl_cr, rrt=0) {
  ratio <- peak_cr / bl_cr
  if (rrt == "1"){return(3)}
  else if (ratio >= 3){return(3)}
  else if (peak_cr > 353.6){return(3)}
  else if (ratio > 2 & ratio <3){return(2)}
  else if (ratio > 1.5 & ratio <2){return(1)}
  else if ((peak_cr >= bl_cr + 26.5)){return(1)}
  else {return (0)}
}

当我测试它时，这个函数工作得很好，但是我似乎不能将它应用到dataframe来创建新的列。我尝试过多种方法，包括应用、应用、变异、转换等，但我似乎无法让它发挥作用。

以下是我的一些失败尝试：

data2$Peak.Creatinine.1 <- as.numeric(data2$Peak.Creatinine.1)
data2$baseline.Cr.within.12.months <- as.numeric(data2$baseline.Cr.within.12.months)
data2$test <- apply(data2, 1, function(x){
  ratio <- x[1] / x[2]
  peak_cr <- x[1]
  bl_cr <- x[2]
  rrt <- x[3]
  if (rrt == "1"){return(3)}
  else if (ratio >= 3){return(3)}
  else if (peak_cr > 353.6){return(3)}
  else if (ratio > 2 & ratio <3){return(2)}
  else if (ratio > 1.5 & ratio <2){return(1)}
  else if ((peak_cr >= bl_cr + 26.5)){return(1)}
  else {return (0)}
})

但这将返回以下错误消息，尽管是类数值的错误消息：

Error in x[1]/x[2] : non-numeric argument to binary operator

另一次尝试：

data2 %>% 
  mutate(test = 
           akistage(Peak.Creatinine.1,baseline.Cr.within.12.months,new.RRT))

返回

Warning message:
In if (rrt == "1") { :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used

我尝试过很多其他的方法，但我不知道为什么它不起作用。这似乎不是很难做，我会非常感激，如果有人能想出一个解决办法！

非常感谢你的帮助！

Answer 1

下面的向量化函数执行问题所描述的操作。它使用索引向量将返回值赋给先前创建的向量AKI.stage。

akistage <- function(peak_cr, bl_cr, rrt = 0) {
  AKI.stage <- numeric(length(peak_cr))
  ratio <- peak_cr / bl_cr
  rrt1 <- rrt == 1
  i <- findInterval(ratio, c(0, 1.5, 2, 3, Inf))
  AKI.stage[rrt1 | i == 4 | peak_cr > 353.6] <- 3
  AKI.stage[!rrt1 & i == 3] <- 2
  AKI.stage[!rrt1 & i == 2] <- 1
  AKI.stage[!rrt1 & i == 1 & peak_cr >= bl_cr + 26.5] <- 1
  AKI.stage
}


data %>% 
  mutate(test = akistage(Peak.Creatinine.1,baseline.Cr.within.12.months,new.RRT))

Answer 2

我建议您使用不同的解决方案将一个新的colum添加到data.frame中，只使用基R：

df <- data.frame(v1 = rep(0, 100), v2 = seq(1, 100))
v3 <- rep(0, 100)

# first way with a $
df$v3 <- v3

# second way with cbind
df <- cbind(df, v3)

# third way
df[, 3] <- 3

编辑1

您的问题来自于这样一个事实:您的第三列是factor，所以当您使用apply时，它会将所有数据转换为字符。做你想做的事的正确方法是：

sapply(1:nrow(data2), function(i, df){
  x <- df[i,]
  ratio <- x[1] / x[2]
  peak_cr <- x[1]
  bl_cr <- x[2]
  rrt <- x[3]
  if (rrt == "1"){return(3)}
  else if (ratio >= 3){return(3)}
  else if (peak_cr > 353.6){return(3)}
  else if (ratio > 2 & ratio <3){return(2)}
  else if (ratio > 1.5 & ratio <2){return(1)}
  else if ((peak_cr >= bl_cr + 26.5)){return(1)}
  else {return (0)}
}, df = data2)