在列表[DNA序列]中迭代和匹配对以附加值

Question

你好，

我试图创建一个for循环来读取DNA序列的列表，并得到所有对的值。这样做的目的是读取当前和下一项，为该对的特定值对其进行数学计算，然后将其附加到最终列表中。这就是一个例子：

AA= 5

AT=6 AC=13

AG=8

CA= 6

TG= 12

...etc。

DNA_seq= A，A，C，A，T，G

这5对(AA，AC，CA，AT，TG)应该给我一个42的值。

所以，这就是我正在尝试的；我首先定义了一个方法来获得下一个项目：

(我知道有一个内置的下一个函数，但它也不起作用)

    def nextbase():
        next_base= next(base)
        return next_base

然后：

    AA=5
    AT=4
    AC=3
    AG=2
    TA=5
    TT=4
    TC=3
    TG=2
    CA=5
    CT=4
    CC=3
    CG=2
    GA=5
    GT=4
    GC=3
    GG=2
    
    stacking= []
    for strand in dsDNA:
        for b in strand:
            base= iter(b)
            if base =='A':
                if nextbase() == 'A':
                    append.stacking(AA)
                elif nextbase() == 'T':
                    append.stacking(AT)
                elif nextbase() == 'C':
                    append.stacking(AC)
                elif nextbase() == 'G':
                    append.stacking(AG)
            elif base=='G':
                if nextbase() == 'A':
                    append.stacking(GA)
                elif nextbase() == 'T':
                    append.stacking(GT)
                elif nextbase() == 'C':
                    append.stacking(GC)
                elif nextbase() == 'G':
                    append.stacking(GG)
            elif base=='c':
                if nextbase() == 'A':
                    append.stacking(CA)
                elif nextbase() == 'T':
                    append.stacking(CT)
                elif nextbase() == 'C':
                    print('yes')
                    append.stacking(CC)
                elif nextbase() == 'G':
                    append.stacking(CG)
            elif base=='T':
                if nextbase() == 'A':
                    append.stacking(TA)
                elif nextbase() == 'T':
                    append.stacking(TT)
                elif nextbase() == 'C':
                    append.stacking(TC)
                elif nextbase() == 'G':
                    append.stacking(TG)
            else:
                print('eror') 
    print(stacking)

但是，只是不起作用，它只会打印错误，因为它没有识别任何东西，有人知道是否有任何有效的方法来做到这一点？谢谢！！

Answer 1

这并不难做到:首先，用每对的“重量”创建一本字典。然后循环遍历dna序列并总结从该字典中检索到的值：

dict={'AA':5,
      'AT':4,
      'AC':3,
      'AG':2,
      'TA':5,
      'TT':4,
      'TC':3,
      'TG':2,
      'CA':5,
      'CT':4,
      'CC':3,
      'CG':2,
      'GA':5,
      'GT':4,
      'GC':3,
      'GG':2 }

DNA_seq= ['A','A','C','A','T','G']
total = sum([dict[DNA_seq[i]+DNA_seq[i+1]] for i in range(len(DNA_seq)-1) ])

print(total)
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