如果数据文件值是相应控件值的两倍，则更改它。

Question

在R中，我有一个包含30000+行(即数据集群)和100个列(这些列是发生在其中的示例/控件)的数据。

如果任何控件值不是0，则低于编辑的示例值:该行的控件值的两倍必须变为0。

可以将控件值修改为0或保持不变:过滤数据后将删除这些列。

dataframe如下所示：

sampleID <- c('clust1', 'clust2', 'clust3')
sample1 <- c(50, 0, 70)
sample2 <- c(0,40,5)
sample3 <- c(10,20,0)
control1 <- c(10,2,0)
control2 <- c(0,30,0)
df <- data.frame(sampleID, sample1, sample2, sample3, control, control)

df
    ClusterID sample1 sample2 sample3 control control
    clust1    50      0       10      10       0  
    clust2    0       40      20      2        30
    clust3    70      5       0       0        0 

所需的输出应该如下所示：

df
    ClusterID sample1 sample2 sample3 control control
    clust1    50      0       0       0       0  
    clust2    0       0       0       0       0
    clust3    70      5       0       0       0

我尝试过的(不成功的)

#list controls
neg_control = c("control1", "control2")

rows_to_replace = list()
sapply(neg_control, function(nc) {
  temp <- df[df[,nc] > 0, ]
  #go over values to filter on
  values <- temp[,nc]
  # go over the values and the rows
  sapply(1:length(values), function(i){
    # for every column check if the value is twice that of the control
    sapply(2:length(colnames(temp)), function(col){
    if (temp[i,col] < 2*values[i]){
        # if true, change that avalue to 0
        temp[i,col] <- 0}
  })
  # save row to variable
  rows_to_replace <- append(rows_to_replace, temps)
  })})

最后一行生成我需要的行，但我不知道如何将它绑定到我想要的输出中。这段代码返回两个矩阵，而不是我想要的输出。

我和R合作的时间不长，我需要在生物信息学项目中得到正确的结果。我一直在想这件事，一天都在谷歌上搜索，没什么运气。希望这里有人能帮忙！

编辑：运行他的代码工作(经过一个小的编辑)

# control columns ans sample columns
controls = c('control1', 'control2')
samples = c('sample1','sample2','sample3')

# mcr = max control value for each row
mcr <- do.call(pmax, otu[controls])
#mcp = max control values that are positive
mcp <- mcr > 0 

# for each row change values that are lower than 2*max control value to 0
otu[mcp, samples][otu[mcp,samples] < 2*mcr[mcp]] <- 0 

Answer 1

根据所显示的条件

nm1 <- names(df)[startsWith(names(df), 'control')]
mx <-  do.call(pmax, df[nm1])
i1 <- mx > 0
nm2 <- grep("^sample\\d+$", names(df), value = TRUE)
df[i1, nm2][df[i1, nm2] < 2 * mx[i1]] <- 0