Rdkit绘图-隐藏(不除去)氢

Question

我试图突出碳在测试分子中的位置，同时隐藏隐含的氢。这是出乎意料的复杂，因为我有两个复杂的问题，每个问题都有一个解决办法，但不相容。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from IPython.display import SVG
import rdkit

Molblock = 'molblock information here'
mx = Chem.MolFromMolBlock(Molblock,sanitize=False)# this molblock already provides an atom map, which I must remove to keep from displaying all assignments in the final image


def remove_atom_indices(mol):
    for a in mol.GetAtoms():
        a.SetAtomMapNum(0)

remove_atom_indices(mx) # remove atom indicies, to keep them from being displayed - can this be passed as an arg? 
highlight = [96,89,113] # locations of atoms I wish to highlight, fetched from indicies which are now removed
drawer = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(500,500) # I want to actually see this with eyeballs
# mx=Chem.RemoveHs(mx) #this does not work - assuming it rewrtires the indicies and is now incompatable when they are removed
drawer.DrawMolecule(mx,highlightAtoms=highlight)
drawer.FinishDrawing()
svg = drawer.GetDrawingText().replace('svg:','')
SVG(svg)

我可以在以下条件下生成图像文件：

1. I没有提供高亮原子列表--这在这里是不可能的，这是重点。
2. ，我不隐藏隐含的氢原子--“很好……我想”--除了在大型结构中，这创造了一个巨大的、不可读的脚手架。

如果允许下列之一的话，解决方案将是很好的：

1. 只是在结构中不呈现1H，而是在mol文件中保留它们的存在(对于，不显示原子映射号)无法找到不删除它们的方法。--

Answer 1

对不起，如果我没有正确理解你的问题，但是如果氢是隐含的，你不需要直接修改摩尔对象来阻止它们的显示。您可以使用RDKit Cookbook：https://rdkit.org/docs/Cookbook.html#without-implicit-hydrogens中的代码片段

for atom in m.GetAtoms():
    atom.SetProp("atomLabel", atom.GetSymbol())

至于隐藏原子索引，您只需修改drawOptions如下：http://rdkit.blogspot.com/2020/04/new-drawing-options-in-202003-release.html#Atom-and-bond-indices

drawer.drawOptions().addAtomIndices = False

这里有一个关于RDKit如何处理氢的更多信息：https://sourceforge.net/p/rdkit/mailman/message/36699970/