我怎么能像下面这样预演一个情节呢？

Question

我是否可以使用ggplot2或任何其他绘图方法中的以下代码来再现下面所示的绘图？如何显示数据点/样本来反映组变量和基因"OXC"的表达水平？谢谢!

 dad <- data.frame(OYC = rnorm(50),
                   OXC = rnorm(50),
                   FG  = runif(50, min = 60, max = 300),
                   GTT = runif(50, min= 0, max = 20),
                   group = rep(c("Aaa", "Bbb", "Ccc", "Ddd"), time = c(15, 12, 8,15)))
 row.names(dad) <- paste("sample_", 1:50)
 
 library(ggplot2)
 dad %>%
   ggplot(aes(x=FG, y= GTT, Color = OXC)) + 
   geom_point() + 
   theme(axis.title=element_text(size = 12,face="bold", colour = "blue"),
         axis.text = element_text(size = 12),
         title=element_text(size= 12,face="bold"))+
   labs(y= "ggt", x = "FG")

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Answer 1

你是说像这样的事吗？我使用了你分享的数据。关键是在您的shape中使用aes()美学元素。它将创造形状，而不是共同点。之后，如果您想要更多的自定义，您可以使用scale_shape_manual()来定义不同的形状。这是somo给你的选项。数字色彩标度也可以添加color或fill美学元素。在这里，代码：

library(ggplot2)
library(dplyr)
#Plot
dad %>%
  ggplot(aes(x=FG, y= GTT, color = OXC, shape=factor(group))) + 
  geom_point() + 
  theme(axis.title=element_text(size = 12,face="bold", colour = "blue"),
        axis.text = element_text(size = 12),
        title=element_text(size= 12,face="bold"))+
  labs(y= "ggt", x = "FG")

输出：

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如果您想设置不同的颜色，可以使用以下内容：

#Plot 2
dad %>%
  ggplot(aes(x=FG, y= GTT, color = OXC, shape=factor(group))) + 
  geom_point() + 
  theme(axis.title=element_text(size = 12,face="bold", colour = "blue"),
        axis.text = element_text(size = 12),
        title=element_text(size= 12,face="bold"))+
  labs(y= "ggt", x = "FG")+
  scale_color_gradient2(low = 'red',mid = 'green',high = 'yellow')

输出：

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还有几个层次的定制：

#Plot 3
dad %>%
  ggplot(aes(x=FG, y= GTT, color = OXC, shape=factor(group))) + 
  geom_point(size=3) + 
  theme(axis.title=element_text(size = 12,face="bold", colour = "blue"),
        axis.text = element_text(size = 12),
        title=element_text(size= 12,face="bold"))+
  labs(y= "ggt", x = "FG")+
  scale_shape_manual(values = c('circle','square','triangle','diamond'))+
  scale_color_gradient2(low = 'red',mid = 'yellow',high = 'blue')

输出：

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Answer 2

这是一个让你接近你的例子的情节(形状周围的黑线，分散的蓝色/红色比例)。您没有在原始代码中获得颜色，因为颜色美学是color而不是Color。使用scale_shape_manual，您可以选择具有坚实的轮廓和填充的形状。然后将颜色变量分配给fill以填充这些形状。使用scale_fill_gradient2，您可以定义一个发散的比例

dad %>%
  ggplot(aes(x=FG, y= GTT, fill = OXC, shape = group)) + 
  geom_point(size = 5) + 
  theme(axis.title=element_text(size = 12,face="bold", colour = "blue"),
        axis.text = element_text(size = 12),
        title=element_text(size= 12,face="bold"))+
  scale_shape_manual(values = c("Aaa" = 21, "Bbb" = 22, "Ccc" = 23, "Ddd" = 24)) + 
  scale_fill_gradient2(low = "red", mid = "white", high = "blue") + 
  labs(y= "ggt", x = "FG")

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