木星笔记本- rpy2 -找不到R库

Question

我目前正试图在同一个木星笔记本中同时使用R和Python。我成功地安装了rpy2；如果我试图用R(将%%R放在开头)编写什么东西，一切都可以工作，但是一旦我尝试使用一个库，就会出现以下错误：

重写到控制台:错误库(包的名称)：没有包的名称-名称

如果我尝试使用R Studio中的同一个库(而不是在木星中)，那么一切都能工作。

这是代码给我带来的麻烦：

import os
os.environ['R_HOME'] = r'C:/PROGRA~1/R/R-40~1.0'
os.environ['path'] += r';C:/PROGRA~1/R/R-40~1.0\bin;'
%load_ext rpy2.ipython

%%R
library(readr)

在这最后一行之后，将出现以下错误：

重写到控制台:库中的错误(Readr)：没有名为“readr”的包

库中的错误(Readr)：没有名为“readr”的跟踪包(最近一次调用)~\anaconda3 3\envs\在Cattolica2020\lib\site-packages\rpy2\ipython\rmagic.py中(自我，如果代码中的最后一行是注释，则267 #需要换行符。->268个值，visible = ro.r("withVisible({%s\n})“%代码) 269除(ri.embedded.RRuntimeError，ValueError)为例外：

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\site-packages\rpy2\robjects_init_.py in call(self，string) 415 p= rinterface.parse(string) --> 416 res = self.eval(p) 417返回conversion.rpy2py(res)

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\site-packages\rpy2\robjects\functions.py in call(self，*args，**kwargs) 196 kwargsr_k =v-> 197返回(SignatureTranslatedFunction，self) 198 .call(*args，**kwargs)

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\site-packages\rpy2\robjects\functions.py in call(self，*args，**kwargs) 124 new_kwargsk = conversion.py2rpy(v) --> 125 res = super(Function，self).call(*new_args，**new_kwargs) 126 res = conversion.rpy2py(res)

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\site-packages\rpy2\rinterface_lib\conversion.py in _(*args，**kwargs) 43 def _(*args，**kwargs)：--> 44 cdata =函数(*args，**kwargs) 45 # TODO:测试cdata是预期的CType

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\site-packages\rpy2\rinterface.py in call(self，*args，**kwargs) 623如果error_occured：-> 624引发embedded.RRuntimeError(_rinterface._geterrmessage()) 625返回res

RRuntimeError:库中的错误(Readr)：没有名为“readr”的包

在处理上述异常的过程中，发生了另一个异常：

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\site-packages\rpy2\ipython\rmagic.py in R(self，line，cell，local_ns) 762其他：-> 763 text_result，结果，可见=self.eval(代码) 764 text_output += text_result

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\site-packages\rpy2\ipython\rmagic.py in eval(self，code) 271 warning_or_other_msg = self.flush() --> 272 self.flush RInterpreterError(代码，str(异常)，273 warning_or_other_msg)

RInterpreterError:未能解析和计算行“库(Readr)\n”。R错误信息：“库中的错误”(Readr)：没有名为“readr”的包

在处理上述异常的过程中，发生了另一个异常：

PermissionError跟踪(最近调用) in

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\site-packages\IPython\core\interactiveshell.py in run_cell_magic(self，magic_name，line，cell) 2379

使用self.builtin_trap: 2380args= (magic_arg_s，cell) -> 2381结果= fn(* args，**kwargs) 2382返回结果2383

R(self，line，cell，local_ns)

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\site-packages\IPython\core\magic.py在(f，*a，**k) 185 #中，但是对于这种状态，它是过分的。186 def magic_deco(arg)：-> 187 call = lambda，*a，**k: f(*a，**k) 188 189，如果可调用(Arg)：

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\site-packages\rpy2\ipython\rmagic.py in R(self，line，cell，local_ns) 782打印(e.err) 783如果tmpd：-> 784 rmtree(tmpd) 785最终返回786：

rmtree中的~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\shutil.py (path，ignore_errors，onerror) 735 #不能继续，即使onerror钩子返回736返回--> 737返回_rmtree_unsafe(路径，onerror) 738739#允许内省是否存在针对符号链接的硬化

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\shutil.py in _rmtree_unsafe(path，onerror) 613 os.unlink(全名) 614 ( OSError：-> 615 onerror(os.unlink，fullname，sys.exc_info()) 616 try: 617 os.rmdir(path)

~\anaconda3\envs\Cattolica2020\lib\shutil.py in _rmtree_unsafe(path，onerror) 611其他: 612尝试：-> 613 os.unlink(全名) 614除了OSError: 615 onerror(os.unlink，fullname，sys.exc_info())

PermissionError: WinError 32 Impossibile文件。Il fileèutilizzato da un altro processo：'C:\Users\User\AppData\Local\Temp\tmp82eo8sb4\Rplots001.png‘

我还试图验证木星和R的库目录是否相同，我获得了相同的两个目录：

1“C:/User/User/Documents/R/win-library/4.0”2 "C:/Program /R/R-4.0.0/

我目前正在使用R4.0.0和Python3.8.3

Answer 1

异常RRuntimeError通常只是将R在执行过程中自己生成的异常转发给Python。

错误消息说R找不到库。如果你真的确信RStudio和木星都使用相同的R安装，那么两者之间的区别将来自于RStudio被指示在更多的目录中查找安装的R包，而不是从木星开始的R。

在RStudio中运行以下命令以了解从何处加载readr：

library(dplyr)
as_data_frame(installed.packages()) %>%
  filter(Package == "readr") %>%
  select(Package, LibPath)