在R中操作"networkD3“对象

Question

我正在使用R中的networkD3库为我的数据创建一个关系图：

library(igraph)
library(dplyr)
library(networkD3)

#create file from which to sample from
x5 <- sample(1:1000000000, 2000, replace=T)
#convert to data frame
x5 = as.data.frame(x5)

#create first file (take a random sample from the created file)
a = sample_n(x5, 1000)
#create second file (take a random sample from the created file)
b = sample_n(x5, 1000)

#combine
c = cbind(a,b)
#create dataframe
c = data.frame(c)
#rename column names
colnames(c) <- c("a","b")

#convert to factors
c$a = as.factor(c$a)
c$b = as.factor(c$b)


#plot graph (with networkD3)
c = data.frame(c)
simpleNetwork(c, fontSize= 20, zoom = T)

当我制作这个图时，我发现输出不是很容易查看和操作。

我正在尝试使用强制图布局，但我在使用它时遇到了困难：

forceNetwork(Links = c$b, Nodes = c$a,
            Source = "source", Target = "target",
            Value = "value", NodeID = "c$a",
            opacity = 0.8)

有人能告诉我我做错了什么吗？

Answer 1

据我理解，forceNetwork的数据格式与simpleNetwork略有不同。

Links参数需要一个表来保存节点表中存储的节点的索引(2列：'from‘- 'to'，或者像示例'source’-‘target’中的那样)。注意，索引应该从0开始，而不是从1开始。第三列的“链接”应该是边的宽度。

节点参数需要一个具有名称和组的表。

在示例中使用的附加参数是在“链接”和“节点”中使用的表中相应列的列名。例如，当您使用NodeID = "c$a"时，这意味着节点表有一个名为“c$a”的列。

查看帮助页面:?forceNetwork --它们比我更好地描述参数，但也向下滚动到示例并检查它们的示例数据的形状(MisLinks和MisNodes)。

也许这个小代码可以给你一个方向(继续你的'c‘对象)：

c$a = as.character(c$a)
c$b = as.character(c$b)

Nodes_IDs <- data.frame(name=sort(unique(c(c$a, c$b))))
Nodes_IDs$gr <- 1

# JavaScript need zero-indexed IDs.
c$a <- match(c$a, Nodes_IDs[,1]) -1
c$b <- match(c$b, Nodes_IDs[,1]) -1
c$width <- .5

forceNetwork(Links = c, Nodes = Nodes_IDs,
             Source = "a", Target = "b",
             Value = "width", NodeID = "name",
             Group = "gr",
             opacity = 0.8)