并行化函数poly2nb {spdep}

Question

spdep::poly2nb的文档包含以下参数项：

foundInBox：使用R代码默认为NULL，如果雪集群可用，则可能并行化，否则为长度列表(n-1)，包含候选邻居的整数向量(j > i)，或如果所有候选对象为(j < i) (由rgeos中的poly_findInBoxGEOS函数为干净多边形创建)，则为空。

我用粗体解释了这个部分，因为如果这个参数为NULL (默认)，并且注册了一个斯诺集群，那么这个函数将被并行化。我试过这样做：

cl <- parallel::makeCluster(7)
doParallel::registerDoParallel(cl)

spdep::poly2nb(squamate_dist) # squamate_dist is a large SpatialPolygonDataFrame

查看任务管理器不会显示任何并行化。并行运行此函数的正确方法是什么？此外，在提供用于参数foundInBox的列表时，是否存在将其并行化的方法？

Answer 1

spdep包(1.1-8)使用像spdep::set.mcOption这样的函数来设置并行计算。请参阅?spdep::set.mcOption中的示例，说明他们是如何做到的。

我无法确定这对于spdep::poly2nb是否有效，但是当我使用spdep::skater或spdep::nbcosts时，它对我有效。

在一个函数中，我这样使用它：

function_using_spdep <- function(...) {
  nc <- 4L # number of cores
  cores_opt <- set.coresOption(nc)
  mc_opt <- set.mcOption(FALSE)
  cl <- parallel::makeCluster(get.coresOption())
  set.ClusterOption(cl)
  on.exit({
    set.coresOption(cores_opt)
    set.mcOption(mc_opt)
    set.ClusterOption(NULL)
    parallel::stopCluster(cl)
  })

  # do spdep stuff
}