在test中使用'adjust =“Tukey‘是否等同于Tukey HSD测试？

Question

我一直在环顾四周，我对图基调整的方式感到很困惑。电子邮件管理系统文件根本没有提到Tukey，但是在这里中有这样的说法：“对于大多数对比度()结果来说，调整通常是另一回事，这取决于创建了哪种类型的对比。例如，成对比较默认地调整= " Tukey "，即Tukey HSD方法。”

据我所知，Tukey HSD本质上是一系列配对t测试，并对I型错误进行调整。但是emmeans函数是计算估计的边际平均(EMMs)，我假设它不是成对的t检验；然后将Tukey调整应用于EMMs输出，将不等同于Tukey HSD后特别测试。

第二个相关的问题是"tukey.emmc“函数是什么？

我想我的第二个问题是，tukey.emmc和对比度()和'adjust =“tukey‘之间有什么区别呢？

Answer 1

用adjust = "tukey"表示的临界值和调整后的P值分别来自学习范围分布qtukey()和ptukey()。这些是在Tukey HSD测试中使用的相同的临界值。但是为了给它一个很好的边缘，Tukey HSD方法实际上只对大小相同的独立样本定义，这可能是emmeans()结果的情况，也可能不是。有关更多细节，请参见? summary.emmGrid，并参考关于P值调整的一节.

关于第二个问题，这两个pairwise.emmc()都为成对比较生成对比系数；revpairwise.emmc()也是如此。以下是第三种可能性：

> emmeans:::tukey.emmc
function(levs, reverse = FALSE, ...) {
    if (reverse)
        revpairwise.emmc(levs, ...)
    else
        pairwise.emmc(levs, ...)
}

也就是说，tukey.emmc()调用一种依赖于reverse的成对比较方法。因此，contrast(..., method = "tukey", reverse = TRUE)等同于contrast(..., method = "revpairwise")。

每个.emmc函数都将一个默认的调整方法传递给contrast()，在pairwise.emmc()和tukey.emmc()的情况下，默认的是adjust = "tukey"。因此，调用contrast(..., method = "pairwise")与调用contrast(..., method = "pairwise", adjust = "tukey")相同。而调用其他对比度函数可能会产生不同的默认值。例如，consec.emmc()默认通过"mvt"调整：

> emmeans:::consec.emmc(1:4)
  2 - 1 3 - 2 4 - 3
1    -1     0     0
2     1    -1     0
3     0     1    -1
4     0     0     1

> attributes(.Last.value)
$names
[1] "2 - 1" "3 - 2" "4 - 3"

$row.names
[1] 1 2 3 4

$class
[1] "data.frame"

$desc
[1] "changes between consecutive levels"

$adjust
[1] "mvt"

关于Tukey调整的另一个评论:这种调整只适合于一组单独的成对比较。如果您为非成对比较或任意对比指定adjust = "tukey"，它将否决您并使用"sidak"调整。