GGPubr与R-盒图显示了不同的极值

Question

我使用了常规的“盒图”函数来检查我的数据的极值值。对于项目中的演示文稿，我使用ggpubr包(它建立在ggplot2上)创建了相同的方块图。

据我所知，胡须应代表相同的区域，在这两个污点。令我惊讶的是，在ggpubr框图中出现了一个极值，而r- not图中没有显示它。

截图ggpubr盒图

截图r-盒图

代码R-框图：

boxplot(data$vtrust_post1, data$vtrust_post2)

代码Ggpubr:

vtrust_a_b_long %>% 
ggboxplot(x = "drive", y = "count", bxp.errorbar = TRUE)

对于ggpubr，我必须将数据转换成长格式：

vtrust_a_b <- data.frame("subject_no" = data$id, "a" = data$vtrust_post1, "b" = data$vtrust_post2)

vtrust_a_b_long <- vtrust_a_b %>%
  gather(key = "drive", value = "count", a, b)

我做错什么了吗？这两个数据都包含相同的最大值。在r盒图和ggpubr/ggplot2 2中，极端值的定义会有所不同吗？

我非常感谢你的帮助！

更新:再现问题的代码

使用此代码，它仅表示ggpubr版本的极值。

a <- c(1.50, 3.50, 1.50, 3.00, 1.25, 5.25, 2.50, 2.50, 1.50, 2.25, 1.75, 2.25, 2.25, 2.25, 4.50, 2.25, 3.25, 1.25, 2.50, 2.75, 1.75, 4.25, 2.75, 2.00,
 1.75, 3.50, 3.25, 3.00, 1.25, 1.25, 3.75, 1.50, 1.75, 2.25, 1.25, 2.00, 1.50, 3.50, 1.75, 3.25)

boxplot(a)
ggpubr::ggboxplot(a)

由于更新2的提示，它可能是由R内的本地设置引起的，我在https://rdrr.io/snippets/上尝试了代码。同样，这一差异也发生在：

截图比较r基盒图和ggpubr盒图。

Answer 1

回顾R基graphics::boxplot的源代码，第48行显示晶须是由grDevices::boxplot.stats计算的。查看boxplot.stats的源代码(在提示符处输入它)，就会发现它使用stats::fivenum来计算距离来绘制晶须。

fivenum(a)
#[1] 1.250 1.625 2.250 3.125 5.250

graphics::boxplot源的第156和157行显示晶须从第2值延伸到第1值，然后从第4值延伸到第5值。

相反，回顾geom_boxplot的源显示，晶须延伸到最近的数据点，从铰链到IQR的不超过1.5倍。这是由stats::quantile计算的

quantile(a,0.75) + diff(quantile(a,c(0, 0.25, 0.5, 0.75, 1))[c(2,4)])*1.5
#5.125 

由于a的元素6是5.25，它比5.125更多，因此，晶须不会延伸到这一点。