在集群中运行奇点对接器

Question

对于一个科学的项目，我需要在这里使用奇点项目：https://github.com/Dfam-consortium/TETools

我通过运行包装脚本来运行它：bashDFAM-tetools.sh

然后我得到了一个新的环境：

(dfam-tetools /beegfs/data/TOOLS/TETools)$ 

然后我就可以在码头里运行我需要的所有软件了。

但问题是，如何在集群中以相同的方式运行(例如使用slurm或SGE？)

我尝试创建一个bash文件，如：

testrun.sh

#!/bin/bash
bash /beegfs/data/TOOLS/TETools/dfam-tetools.sh
RepeatModeler -h
echo "test"

但我只得到输出：

/var/spool/slurmd/job2055108/slurm_script: line 3: RepeatModeler: command not found
test

是否有人已经在集群中运行了码头？

Answer 1

编辑

由于必须访问另一个目录而不是当前目录，所以应该运行奇异命令，而不是运行dfam-tetools.sh脚本：

singularity run -B /data:/data docker://dfam/tetools:latest RepeatModeler -h

原接受答案：

通过查看文档和脚本dfam-tetools.sh，您应该编写：

#!/bin/bash
bash /beegfs/data/TOOLS/TETools/dfam-tetools.sh -- RepeatModeler -h

如果需要运行更多命令，我建议将它们写入bash文件，并按以下方式运行该文件：

#!/bin/bash
bash /beegfs/data/TOOLS/TETools/dfam-tetools.sh -- bash myscript.sh

仔细阅读文档，因为它写得很好。

感谢frodon，下面的代码为我工作：

单点y run -B //beegfs/data/user1/://beegfs/data/user1/ docker://dfam/tetools:latest BuildDatabase -name $Sp_name.DB -engine rmblast $ASSEMBLY

其中/beegfs/data/user1/是找到文件的路径