将guile链接到Rcpp

Question

我正在尝试将guile链接到Rcpp文件。看起来像编译了一些东西，但是加载时有一个错误：

sourceCpp("test_2.cpp", rebuild = TRUE, showOutput = TRUE)
/usr/lib/R/bin/R CMD SHLIB --preclean -o 'sourceCpp_2.so' 'test_2.cpp' 
g++-10 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG   -I"/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/Rcpp/include" -I"/home/matias/Documentos/Program/R/guile"    -fpic  -O3 -march=native -mtune=native -fPIC -pthread  -I"/usr/include/guile/3.0" -c test_2.cpp -o test_2.o
g++-10 -shared -L/usr/lib/R/lib -lm -ldl -lgmpxx -lgmp -lmpfr -lmpc -lguile-3.0 -lgc -o sourceCpp_2.so test_2.o -L/usr/lib/R/lib -lR
Error in dyn.load("/tmp/Rtmpm2flY8/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.5/sourcecpp_29e2d33505085/sourceCpp_2.so") : 
  unable to load shared object '/tmp/Rtmpm2flY8/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.5/sourcecpp_29e2d33505085/sourceCpp_2.so':
  /tmp/Rtmpm2flY8/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.5/sourcecpp_29e2d33505085/sourceCpp_2.so: undefined symbol: scm_init_guile

如果我移除Rcpp头并直接使用g++构建，则链接可以正常工作。

我的Makevars看起来是这样的：

CXX = g++-10
CXXFLAGS = -O3 -march=native -mtune=native -fPIC -pthread  -I"/usr/include/guile/3.0"
CXXSTD = -std=c++11
LDFLAGS =  -lm -ldl -lgmpxx -lgmp -lmpfr -lmpc -lguile-3.0 -lgc

.cpp文件：

#include <Rcpp.h>
#include <stdio.h>
#include <libguile.h>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
int test_guile() {
    SCM func, func2;
    scm_init_guile();

    scm_c_primitive_load("script.scm");

    func = scm_variable_ref(scm_c_lookup("simple-func"));
    func2 = scm_variable_ref(scm_c_lookup("quick-test"));

    scm_call_0(func);
    scm_call_0(func2);

    return 0;
}

Answer 1

你是如此，如此亲密。你基本上解决了这个问题。我只是拿了你的文件，做了一个小小的修改，让脚本成为一个参数，并且(因为你没有发布script.scm)注释掉了内容特定的内容。不过，我们仍然加载它：

#include <Rcpp.h>
#include <stdio.h>
#include <libguile.h>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
int test_guile(std::string file) {
    SCM func, func2;
    scm_init_guile();

    scm_c_primitive_load(file.c_str());

    //func = scm_variable_ref(scm_c_lookup("simple-func"));
    //func2 = scm_variable_ref(scm_c_lookup("quick-test"));

    //scm_call_0(func);
    //scm_call_0(func2);

    return 0;
}

类似地，我只是将一个src/Makevars添加到Rcpp.package.skeleton()创建的文件中。这还不够好，因为您需要一些最小的configure或类似的逻辑才能从guile-config-3.0或alike获得这些值。但它通过了试金石测试。C++11是R4.0.*下的缺省值，编译器是最近出现在我的框中的，所以我们只需要它(删除了一些GMP和我们不需要的相关部件之后)：

PKG_CXXFLAGS = -I"/usr/include/guile/3.0"
PKG_LIBS = -lguile-3.0 -lgc

它现在构建、安装和运行都很好：

> file <- system.file("guile", "script.scm", package="RcppGuile")
> RcppGuile::test_guile(file)
[1] 0
> 

作为参考，我提交并推送了整个示例包这里。如果您提供一个指向script.scm的指针，我们也可以添加它。

编辑:几秒钟的谷歌搜索就会导致你可能用过，所以现在我们有了一个可以工作的嵌入式Guile解释器的完整示例：

> library(RcppGuile)
> test_guile(system.file("guile", "script.scm", package="RcppGuile"))
Script called, now I can change this
Adding another function, can modify without recompilation
Called this, without recompiling the C code
[1] 0
>