更改gt汇总表中"add_p()“函数执行的默认统计测试

Question

我使用gt汇总包来生成汇总表。

我想做以下几点：

1. ，即"add_p“函数对变量"by”中的比例执行两个比例的z检验，而不是对独立性进行卡方检验。在脚注中使用stats::prop.test
2. Displays，即“进行的统计测试是”具有连续性修正的比例相等的2样本检验“

。

在这个示例代码中，我如何做到这一点？

trial2 <- trial %>% select(trt, grade)
trial3 <- trial2[-which(trial2$grade == "III"),]
trial4 <- droplevels(trial3)

trial4 %>%
  tbl_summary(
    by = trt,
    statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
                     all_categorical() ~ "{n} / {N} ({p}%)"),
    digits = all_continuous() ~ 2,
    label = grade ~ "Tumor Grade"
  ) %>% add_p()

谢谢!

Answer 1

你可以有两个选择。首先，构建一个自定义的p值函数，以基于prop.test()计算p值.在add_p.tbl_summary()帮助文件中有这样的一个例子。

第二个选项(和更简单的选项)是从GitHub下载包的当前开发版本。在这个版本中，prop.test()选项已经内置。下面的例子！

remotes::install_github("ddsjoberg/gtsummary")
library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] ‘1.3.5.9017’

trial %>%
  select(response, death, trt) %>%
  tbl_summary(by = trt) %>%
  add_p(test = everything() ~ "prop.test") %>%
  modify_footnote(p.value ~ "2-sample test for equality of proportions with continuity correction")

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您还可能希望查看新函数add_difference()，该函数还报告prop.test() p值以及组间的差异。

trial %>%
  select(trt, response, death) %>%
  tbl_summary(by = trt,
              statistic = all_dichotomous() ~ "{p}%",
              missing = "no") %>%
  modify_footnote(all_stat_cols() ~ NA) %>%
  add_n() %>%
  add_difference(estimate_fun = ~paste0(style_sigfig(. * 100), "%"))

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