igraph:基于节点属性的折扣边缘权重

Question

我有一个没有方向的网络，边缘权值。每个节点都有一个属性"group“。我想要改变现有的权重，剔除同一组中节点之间的边。

例如，如果node1和node2的边权重为10，并且它们的属性"group“都等于"A”，那么我想将权重除以-假设-2，如果不是(它们属于不同的组)，它们的权重将保持为10。

我不知道该如何进行。

我可以用E(g)$weight可视化权重，用V(g)$group显示属性，但我想不出用顶点属性改变边权重的方法。

Answer 1

您可以使用igraph::%--%操作符来帮助您。如您的示例所示:如果两个顶点都在A组中，那么将权重除以2

v_a <- which(V(g)$group == "A")  # All vertices in group A
e_a <- E(g)[v_a %--% v_a]  # All edges between those vertices

edge_attr(g)$weight[e_a] <- edge_attr(g)$weight[e_a] / 2

如果以类似的方式处理每个组，则可以使用for-循环。在本例中，您将权重除以某个常量，这取决于其顶点所在的组。

group_constants <- c("A" = 2, "B" = 20, "C" = 200)

for (i in unique(V(g)$group)) {
  v_a <- which(V(g)$group == i)
  e_a <- E(g)[v_a %--% v_a]
  
  edge_attr(g)$weight[e_a] <- edge_attr(g)$weight[e_a] / group_constants[i]
}

这是我用过的数据。它是一个具有顶点群和边权的无向图。

verts <- letters[1:10]

g_df <- data.frame(
  from = sample(verts, 15, replace = TRUE),
  to = sample(verts, 15, replace = TRUE),
  weight = sample(1:10, 15, replace = TRUE)
)

g_df_v <- data.frame(
  name = verts,
  group = sample(LETTERS[1:3], 10, replace = TRUE)
)

g <- graph_from_data_frame(g_df, directed = FALSE, vertices = g_df_v)

# Edges
#    from to weight
# 1     h  i      5
# 2     i  e      9
# 3     d  i      8
# 4     c  a     10
# 5     f  c      7
# 6     a  b      5
# 7     j  i      1
# 8     j  b      8
# 9     a  f      4
# 10    h  i      7
# 11    g  a      7
# 12    f  b      6
# 13    e  c      8
# 14    b  f      4
# 15    g  c      8

# Vertices
#    name group
# 1     a     C
# 2     b     B
# 3     c     C
# 4     d     B
# 5     e     A
# 6     f     A
# 7     g     A
# 8     h     B
# 9     i     B
# 10    j     B