从数据帧列表中选择cols (具有不同的名称)

Question

我有一个包含很多遗传变异信息的数据框架列表。现在我想从这些DFs中提取一些cols。一个问题是，在某些DFs中，学院的名称不同。是否有解决这一问题的推荐方法？

# example data
df1 <- data.frame(Gene = 1:10, Consequence1= 11:20, other_stuff = 21:30)
df2 <- data.frame(Gene = 1:10, Consequence= 11:20, other_stuff = 21:30)
df3 <- data.frame(Gene = 1:10, Consequence= 11:20, other_stuff = 21:30)

family1 <- list(cpht = df1, hm = df2, ht = df3)
family2 <- list(cpht = df1, hm = df2, ht = df3)

gene_lists <- list(family1 = family1, family2 = family2)

我想要提取的科尔的名字是：“Gene”和“Consequence1”或“Consequence”。一个可行的选择是将名为“Consequence1”的名称重命名为“rename”，但到目前为止还没有成功。

非常感谢你的帮助！

塞巴斯蒂安

Answer 1

不确定最终结果，但有一种方法是使用lapply循环列表，例如使用grepl提取所需的列：

# example data
df1 <- data.frame(Gene = 1:10, Consequence1= 11:20, other_stuff = 21:30)
df2 <- data.frame(Gene = 1:10, Consequence= 11:20, other_stuff = 21:30)
df3 <- data.frame(Gene = 1:10, Consequence= 11:20, other_stuff = 21:30)

family1 <- list(cpht = df1, hm = df2, ht = df3)
family2 <- list(cpht = df1, hm = df2, ht = df3)

gene_lists <- list(family1 = family1, family2 = family2)

gene_columns <- lapply(gene_lists, function(x) lapply(x, function(x) x[, names(x)[grepl("^(Gene|Consequence)", names(x))]]))

gene_columns$family1$ht
#>    Gene Consequence
#> 1     1          11
#> 2     2          12
#> 3     3          13
#> 4     4          14
#> 5     5          15
#> 6     6          16
#> 7     7          17
#> 8     8          18
#> 9     9          19
#> 10   10          20

编辑以重命名列Consequence1，并且只选择可以执行的Consequence：

gene_columns <- lapply(gene_lists, function(x) lapply(x, function(x) { 
  names(x)[grepl("^Consequence1$", names(x))] <- "Consequence"  
  x[, c("Gene", "Consequence")]
  }
))