从Python调用R脚本不会在版本4中保存日志文件

Question

我从python调用一个非常简单的名为RCode.R的R脚本

args <- commandArgs(TRUE)
print(args)
source(args[1])

setwd("<YOUR PATH>")
output <- head(mtcars, n = n)
write.table(output, "output.txt")

使用以下脚本：

import subprocess

pth = "<YOUR PATH>"


subprocess.call(" ".join(["C:/R/R-3.6.0/bin/x64/R.exe", "-f", '"' + pth + '/R Code.R"', "--args", 
                '"' + pth + '/arguments.txt"',"1>", '"' + pth + '/log.txt"', "2>&1"]))


subprocess.call(" ".join(["C:/R/R-4.0.3/bin/x64/R.exe", "-f", '"' + pth + '/R Code.R"', "--args", 
                '"' + pth + '/arguments.txt"',"1>", '"' + pth + '/log.txt"', "2>&1"]))

其中arguments.txt包含:n <- 10

问题是，当我使用R-4.0.3时，log.txt文件不会生成，我需要转储一个日志文件，因为它在后面的进程中自动查找日志文件。

在CMD (Windows)中执行以下命令时：

C:/R/R-4.0.3/bin/x64/R.exe -f "<YOUR PATH>/R Code.R" --args "<YOUR PATH>/arguments.txt" 1> "<YOUR PATH>/log.txt" 2>&1'

它确实工作得很完美，只有当它嵌入到另一个软件中时才是如此。

另外，我尝试了在名称中没有空格，并从根文件夹调用脚本，而不必指定路径。知道它为什么对R-4不起作用吗？*或者更好的是，如何解决它？

谢谢!

帕德:谢谢你，马丁，你的建议，让我提出了一个更好的问题。

Answer 1

帮人解决了这个问题谢谢邓肯·默多克！

解决方案1：

import os
pth = "<YOUR PATH>"
os.system(" ".join(["C:/R/R-4.0.3/bin/x64/R.exe", "-f", '"' + pth + '/RCode.R"', "--args", 
                '"' + pth + '/arguments.txt"',"1>", '"' + pth + '/log.txt"']))

解决方案2：

import subprocess
pth = "<YOUR PATH>"
subprocess.call(" ".join(["1>", '"' + pth + '/log.txt"', "2>&1",
                          "C:/R/R-4.0.3/bin/x64/R.exe", "-f", '"' + pth + '/RCode.R"', "--args", 
                '"' + pth + '/arguments.txt"']), shell = True)

Answer 2

在一种情况下(3.6.0)使用R.exe，在另一种情况下使用(4.0.3) Rscript.exe。R和Rscript都存在了很长一段时间，它们的行为总是略有不同。

你真的不应该把它们混淆在一起(即使在Windows上，我知道，它们看起来像同一个文件。)他们的行为不一样)。

好的，现在两种方法都使用R.exe。为了找出更多/看更多的问题可能发生的地方，你能试一下

使用最小可复制示例的setwd(.))

• not

• ，即我们可以直接使用的示例，即不使用"<YOUR PATH>" (也不使用带有' ' (空格)的文件名)，例如，使用来自“终端”/shell的

1. ，而不是用作python子进程?

最后但并非最不重要的一点是:是的，对于R4.0.0，使用了一个完全更新的工具集("brandnew“，例如更新得多的C编译器)来构建Rtools、”RTools4.0“或rtools40：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。因此，人们预计会发生变化，但通常情况下，变化只会变得更好，而不是更糟。