DCA :带有自动绘图或ggplot2的标记点

Question

我发现很难将带有DCA的站点的标签放置在自动绘图或in图中。

我还想根据它们的组来区分自动绘图/ggplot上的各个点。

这是我所使用的数据和代码，它运行良好，直到自动绘图/ggplot命令为止：

library(vegan)
data(dune)
d <- vegdist(dune)
csin <- hclust(d, method = "single")
cl <- cutree(csin, 3)
dune.dca <- decorana(dune)
autoplot(dune.dca)

这是获得的自动绘图：

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我使用的是简单的编码，我尝试了这些代码，但它们并没有引导我找到任何地方：

autoplot(dune.dca, label.size = 3, data = dune, colour = cl)
ggplot(dune.dca(x=DCA1, y=DCA2,colour=cl))
ggplot(dune.dca, display = ‘site’, pch = 16, col = cl)
ggrepel::geom_text_repel(aes(dune.dca))

如果有人有一个简单的建议，那就太好了。

Answer 1

通过添加的信息(包)，我能够深入挖掘。

问题是(简而言之)，autoplot.decorana将数据添加到特定层( geom_point或geom_text)。这不会继承到其他层，因此添加其他层会导致空白页。

基本上，请注意下面两个代码字符串中的一个会导致错误，并注意data参数的位置：

# Error: 
ggplot() + 
  geom_point(data = mtcars, mapping = aes_string(x = 'hp', y = 'mpg')) +
  geom_label(aes(x = hp, y = mpg, label = cyl))
# Work:
ggplot(data = mtcars) + 
  geom_point(mapping = aes_string(x = 'hp', y = 'mpg')) +
  geom_label(aes(x = hp, y = mpg, label = cyl))

ggvegan:::autoplot.decorana将数据放置在示例中，返回一个错误。

我看到了两种解决这个问题的方法：

mapping.

• Extract

• 使用ggplot_build或layer_data提取图层数据，并创建一个整体或单层(生成数据的代码)，并手动创建我们的绘图(不使用

1. )。

老实说，我认为第二个更简单，因为我们可能需要提取更多的信息，以使我们的数据合理。通过查看ggvegan:::autoplot.decorana的源代码(简单地将其打印到控制台，去掉括号)，我们可以提取下面的代码，生成与图中使用的数据相同的数据。

ggvegan_data <- function(object, axes = c(1, 2), layers = c("species", "sites"), ...){
  obj <- fortify(object, axes = axes, ...)
  obj <- obj[obj$Score %in% layers, , drop = FALSE]
  want <- obj$Score %in% c("species", "sites")
  obj[want, , drop = FALSE]
}

这样，我们就可以生成我们想要的任何图，有适当的映射，而不是单独的层映射。

dune.plot.data <- ggvegan_data(dune.dca)
p <- ggplot(data = dune.dca, aes(x = DCA1, DCA2, colour = Score)) + 
  geom_point() + 
  geom_text(aes(label = Label), nudge_y = 0.3)
p

这给了我们我希望的是你想要的输出

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