mha脑肿瘤文件中的图像数据

Question

我有一个MHA文件，当我写

from medpy.io import load
image_data, image_header = load("HG/0001/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair.684.mha")
print(image_data.shape)

我得到一个元组(160,216,176)。这些维度代表什么(作为参考，这些是2013年儿童脑瘤图像)？谢谢你的帮助。

编辑:在木星上为滑块工作，我做了

import matplotlib.pyplot as plt
from ipywidgets import interact
import numpy as np
%matplotlib inline

@interact(x=(0, image_data.shape[2]))
def update(x):
    plt.imshow(np.flip(image_data[x].T, 0))

但是当然，您的代码可能适用于其他编辑器。

Answer 1

根据文档，load(图像)“加载图像并返回包含图像像素内容和标头对象的ndarray”。

在medpy.io.load中，它说image_data是“具有x、y、z、c顺序的numpy数组的图像数据”。

编辑：因为我对这个文件中的实际内容很好奇，所以我收集了一个快速脚本(主要基于滑块演示)来查看。我把它留在这里以防对某人有用。(单击“层”滑块以选择要绘制的z坐标。)

from medpy.io import load

image_data, image_header = load("/tmp/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair.684.mha")

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.widgets import Slider, Button, RadioButtons

fig, ax = plt.subplots()
plt.subplots_adjust(bottom=0.25)

axlayer = plt.axes([0.25, 0.1, 0.65, 0.03])
slider_layer = Slider(axlayer, 'Layer', 1, image_data.shape[2], valinit=1, valstep=1)

def update(val):
  layer = slider_layer.val
  ax.imshow(image_data[:,:,layer])
  fig.canvas.draw_idle()

slider_layer.on_changed(update)

ax.imshow(image_data[:,:,0])

plt.show()

​

​

(这间接证实了image_data持有三维体素图像。)

Answer 2

仅为了在已接受的答案之上添加，我们也可以使用subplots和animation可视化切片：

from medpy.io import load
image_data, image_header = load("VSD.Brain.XX.O.MR_Flair.684.mha")
image_data = image_data / image_data.max()

plt.figure(figsize=(20,32))
plt.gray()
plt.subplots_adjust(0,0,1,0.95,0.01,0.01)
for i in range(ct.shape[0]):
    plt.subplot(16,10,i+1), plt.imshow(image_data[i]), plt.axis('off')
plt.suptitle('Brain-Tumor CT-scan mha (raw) files', size=15)
plt.show()

​

​

​

​