skimr(iris)在linux check_dots_used控制台中打印时会在RStudio中生成错误。

Question

当我在linux RStudio服务器上的控制台中运行默认skimr命令时，会得到以下部分输出和错误：

图书馆(检索)

──数据摘要────────────────────────值名称虹膜

行数150

栏数5

列类型频率：

因子1

数字4

组变量无

check_dots_used中的错误(action = warn)：未使用的参数(action= warn)

但是，当我将代码编成RMarkdown文档时，相同的代码将运行得很好。

​

​

同样的代码也会在我的Mac笔记本电脑RStudio实例上运行良好，无论是在控制台还是在RMarkdown文档中。

我可以分配skimr命令的输出，并在服务器实例上查看分配的输出对象：

out <- skim(iris) View(out) class(out) 1 "skim_df“"tbl_df”"tbl“"data.frame”

但是，print(out)再次生成相同的错误。

这是sessionInfo。

sessionInfo()

R版本3.5.1 (2018-07-02)

平台: x86_64-redhat-linux-gnu (64位)

运行于: CentOS Linux 7(核心)

矩阵产品:默认

BLAS/LAPACK: /usr/lib 64/R/lib/libRblas.so

地区：1 LC_CTYPE=en_LC.US.UTF 8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_LC.US.UTF 8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_货币=en_us.utf-8

6 LC_MESSAGES=en_LC.US.UTF 8 LC_PAPER=en_LC.US.UTF 8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C

11 LC_测量=en_11.US.UTF 8 LC_IDENTIFICATION=C

随附的基本包件：

1统计图形grDevices使用数据集方法库

其他附加包裹：1 skimr_2.1.2

通过命名空间加载(而不是附加的)：

1 Rcpp_1.0.2 rstudioapi_0.13 knitr_1.31 magrittr_1.5 tidyselect_1.1.0 R6_2.3.0 rlang_0.4.10 fansi_0.4.0 stringr_1.4.0

10 dplyr_1.0.4 tools_3.5.1 xfun_0.20 utf8_1.1.4 cli_2.3.0 DBI_1.0.0 withr_2.4.1 htmltools_0.3.6 ellipsis_0.2.0.1 19 yaml_2.2.0 rprojroot_1.3-2 assertthat_0.2.0 digest_0.6.18 tibble_3.0.6 lifecycle_0.2.0 crayon_1.3.4 tidyr_1.1.2 purrr_0.3.4

28 repr_1.1.3 base64enc 64 0.1_0.1-3 vctrs_0.3.6 evaluate_0.12 glue_1.4.2 rmarkdown_1.10 stringi_1.2.4 compiler_3.5.1 pillar_1.4.7

37 backports_1.1.2 generics_0.1.0 jsonlite_1.6 pkgconfig_2.0.2

Answer 1

您需要使用options(skimr_strip_metadata = FALSE)。这是由于与{pilar}包有关的原因。https://github.com/ropensci/skimr/issues/641

此外，请更新省略号包。看看这个答案。用过“

我不知道为什么在控制台不工作的情况下，用rmarkdown方式来执行，除非加载的包是不同版本的。

Answer 2

我曾经遇到过类似的情况，skim_without_chart将返回一个错误，找不到函数"skim_without_charts".

我使用的解决方案是先调用skimr，然后再调用skimm_without_charts，比如skimr：：skim_without_charts(企鹅)

这解决了我的问题。