导入genlight对象中记录的基因型表

Question

我试图清理我的snp数据，过滤掉任何深度<3的等位基因，如果位点的总深度<5，那么就完全排除基因型，即变成NA。然后我试着把“干净”的基因型重新记录到genlight对象中。这就是我坚持的地方。

基于新深度的召回基因型

het <- Map(function(x, y) x>0 & y>0, read.depth.ref.filter, read.depth.snp.filter)
hom_0 <- Map(function(x, y) x>0 & y==0, read.depth.ref.filter, read.depth.snp.filter)
hom_2 <- Map(function(x, y) x==0 & y>0, read.depth.ref.filter, read.depth.snp.filter)

re.geno <- read.depth.snp.filter

记录基因型表

re.geno[] <- Map(ifelse, het, 1, re.geno)
re.geno[] <- Map(ifelse, hom_0, 0, re.geno)
re.geno[] <- Map(ifelse, hom_2, 2, re.geno)

我试过：

gl[,] <- t(re.geno[,])  

如有任何建议，将不胜感激。

R.

Answer 1

我有自己的答案

gl <- as.genlight(t(re.geno))