在单个命令中运行选定的Rmd块。

Question

我正在用Rmd笔记本进行实验，我被困在一些似乎应该是可能的事情上，但我根本找不到解决方案。

基本上，我想要一种功能的方式来运行选定的Rmd块，而不编译与针织品。因此，我认为在这里使用依赖块、缓存等是行不通的。

下面是一个示例笔记本：

Example_Notebook.Rmd

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title: "Example_Notebook"
output: html_notebook
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```{r Chunk_1 , include=T}

打印(1+2)

Var1 <-‘来自块1的变量’

```{r Chunk_2 , include=T}

Var2 <-‘变量从块2’

```{r Chunk_3 , include=T}

打印(Var1)

Var3 <-‘变量从块3’

打印(Var3)

假设我想运行块1和块3。要手动运行，我可以在游标位于Ctrl+Shift+Enter时使用Chunk_1，然后在游标在Chunk_3时再次使用Ctrl+Shift+Enter。这将跳过Chunk_2，同时仍然获得1和3的输出。

我正在寻找一种在单个命令/函数中执行此操作的方法。这类似于RStudio中的按钮“运行上面的所有块”，但显然，我想跳过Chunk_2。

我试过很多方法在函数中写这个。我得到的最接近的是使用rstudioapi包。下面是我的函数的样子：

MyNewFunction <- function(){
    rstudioapi::navigateToFile( file = 'Example_Notebook.Rmd' , line = 6  )
    Sys.sleep(.2)
    rstudioapi::executeCommand(commandId = 'executeCurrentChunk')
    Sys.sleep(.2)
    print('First Command Complete')
    
    rstudioapi::navigateToFile( file = 'Example_Notebook.Rmd' , line = 15  )
    Sys.sleep(.2)
    rstudioapi::executeCommand(commandId = 'executeCurrentChunk')
    Sys.sleep(.2)
    print('Second Command Complete')
}

MyNewFunction()

这是运行的，但是当我查看Example_Notebook.Rmd文件时，Chunk_1会显示一个输出，但是Chunk_3不会。

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我的游标在第15行结束，所以它似乎通过navigateToFile、Sleep命令和打印命令运行，但是它等待executeCommand直到整个函数完成。

我还尝试将代码放入它自己的文件中，然后使用source()，以及将代码包装在rstudioapi::sendToConsole()中，但同样的情况也发生了。

这几乎就像我需要在一个命令中执行两个单独的顶级任务，但我不确定这是否可能，甚至在技术上是合理的。

查看Rstudio中的C++ & java代码，似乎“运行上面的所有块”命令将所有块放入一个作用域，并使用函数"executeScopedChunks“。不幸的是，我根本不懂C++或java，所以我真的不了解更多的东西。这可能没有什么帮助，但以防万一，我在这里看：https://github.com/rstudio/rstudio/blob/master/src/gwt/src/org/rstudio/studio/client/workbench/views/source/editors/text/TextEditingTarget.java#L5754

有什么办法解决这个问题吗？任何帮助都将不胜感激！

Answer 1

首先，您可以尝试“可视”版本而不是“源”版本，它可能会使生活变得更容易：

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然后，您可以单击“设置”图标来更改块2或任何不想运行的块，以“显示任何内容(不要运行代码)”：

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如果您想运行所有其他块没有针织，您只需单击工具栏右上角的“run”按钮。单击“运行所有”或其他您喜欢的命令。

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