R.冲积图:如何对地层进行空间划分？

Question

背景

我一直在使用ggplot和冲积包装创建一个冲积图(类似于Sankey图)来可视化随时间变化的频率差异以及它们的起源。

举个例子，我创建了一个简单的数据集，包含100个假想的病人，并对新冠肺炎进行筛选。基线时，所有患者新冠肺炎均为阴性。假设1周后，所有患者都再次进行检测:现在，30例阳性，65例阴性，5例结果不确定。再过一周，30例阳性患者仍为阳性，10例由阴性转为阳性，其余均为阴性。

data <- data.frame(analysis = as.factor(rep(c("time0", "time1", "time2"), each = 4)), 
                   freq = rep(c(30, 10, 55, 5), 3), 
                   track = rep(1:4, 3),  
                   response = c("neg","neg","neg","neg", "pos", "neg", "neg", "inconc", "pos", "pos", "neg", "neg"))

#   analysis freq track response
#1     time0   30     1      neg
#2     time0   10     2      neg
#3     time0   55     3      neg
#4     time0    5     4      neg
#5     time1   30     1      pos
#6     time1   10     2      neg
#7     time1   55     3      neg
#8     time1    5     4   inconc
#9     time2   30     1      pos
#10    time2   10     2      pos
#11    time2   55     3      neg
#12    time2    5     4      neg

目标

其目的是创建一个冲积图，使这些患者的“轨迹”(即典故)在一段时间内可视化，从而在两周后可视化结果的起源。类似于：

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尝试

我设法完成了这个数字的主要部分：

library(tidyverse)
library(ggalluvial)

ggplot(data, aes(x = analysis, stratum = response, alluvium = track, y = freq, fill = response), col = "black") +
    geom_flow(stat = "alluvium") +
    geom_stratum(alpha = .5) +
    scale_fill_manual(values = c("grey", "green", "red"))

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问题

然而，我却不能清楚地分辨出这些阶层。现在，它们都是相邻的，这导致了一个完全“填充”的矩形。

如何在冲积图中使用ggalluvial包( R )中的地层/冲积层空间？

Answer 1

“冲积层一揽子”一书的作者将冲积地定义为：

冲积图是平行的集合图，在这些图中，类在不同的维度上被一致地排列，并且在每个维度上没有间隙地堆叠。

您可能想做一个sankey图，一个合理的包是：格桑基