未能使用包glmmTMB生成DHARMa诊断图

Question

我试图使用包glmmTMB为DHARMa模型生成诊断图，但没有成功。本格列奈特中的示例1.1给出：

owls_nb1 <- glmmTMB(SiblingNegotiation ~ FoodTreatment*SexParent +
                         (1|Nest)+offset(log(BroodSize)),
                         contrasts=list(FoodTreatment="contr.sum",
                         SexParent="contr.sum"),
                         family = nbinom1,
                         zi = ~1,
                         data=Owls)
plot(owls_nb1_simres <- simulateResiduals(owls_nb1) )

# Error in on.exit(add = TRUE, { : invalid 'add' argument

同样的情况也发生在：

if (!require(RCurl)) install.packages('RCurl'); library(RCurl)
unicorns <- read.csv(text= RCurl::getURL("https://raw.githubusercontent.com/marcoplebani85/datasets/master/unicorns.csv")) 
# simulated data, obviously
unicorns_glmmTMB <- glmmTMB(Herd_size_n ~ food.quantity
                        + (1 + food.quantity | Locality)
                        + (1 + food.quantity | Year_Month),
                        family="poisson",
                        data=unicorns)

plot(simulateResiduals(unicorns_glmmTMB))
# Error in on.exit(add = TRUE, { : invalid 'add' argument

如果我在lme4::glmer中运行相同的模型

unicorns_glmer <- glmer(Herd_size_n ~ food.quantity
                        + (1 + food.quantity | Locality)
                        + (1 + food.quantity | Year_Month),
                        family="poisson",
                        data=unicorns)

...and“馈送”它到：

plot(simulateResiduals(unicorns_glmer))

我获得了没有问题的诊断图(顺便说一句，我知道unicorns_glmer模型不是最优的，可以改进)。

我在用：

• glmmTMB版本1.0.2.9000新安装于github；
• DHARMa版本0.4.1；
• R版本3.6.3；
• MacOS塞拉利昂版10.12.6。

有没有人遇到过同样的问题？有人知道怎么解决吗？

编辑：，我的问题最初是关于包performance和DHARMa如何处理glmmTMB对象。为了集中精力和清晰起见，我删除了对package performance__的引用，从而使这个问题特定于glmmTMB和DHARMa__。

Answer 1

看起来这是一个错误，出现在R <= 4.0.1中。来自4.0.2版本的R新闻档案：

on.exit()现在与命名参数正确匹配，这要归功于Brodie的PR#17815 (包括补丁)。

我试图修复glmmTMB代码，因此它可以绕过错误。

你可以试试

remotes::install_github("glmmTMB/glmmTMB/glmmTMB@on_exit_order")

看看这是否有帮助(如果没有出问题，这个分支应该很快合并成主人.)