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社区首页 >问答首页 >文本文件中计数正值的脚本校正

问文本文件中计数正值的脚本校正
EN

Stack Overflow用户
提问于 2021-04-26 18:08:52
回答 2查看 91关注 0票数 1

不久前，我请求帮助生成一个Perl脚本，该脚本将文本文件中的值划分为几个部分。这个脚本告诉我，当一个正值出现在文本文件的某些行中时，然后当开始文本的另一部分时，再次告诉我正值的数目。例如，这是我的文本文件：

代码语言：javascript
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;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2   25 NKSP   0.1462     (9/9)   ---   
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2   66 NLTW   0.7837     (9/9)   +++   
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  116 NTTQ   0.7013     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  126 NGTH   0.7112     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  163 NCTY   0.7620     (9/9)   +++   
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  173 NIST   0.6556     (8/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  231 NITY   0.7442     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  273 NGTI   0.7109     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  322 NITQ   0.6116     (8/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  334 NITS   0.7296     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  361 NSSA   0.5388     (6/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  462 NPSG   0.4656     (5/9)   -     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  541 NSTK   0.5883     (8/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  590 NASS   0.5643     (6/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  603 NCTD   0.7117     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  646 NSSY   0.5467     (4/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  665 NVSS   0.7980     (9/9)   +++   
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  695 NNTI   0.4537     (5/9)   -     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  703 NFSI   0.5613     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  787 NFSQ   0.6209     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1060 NFTT   0.4540     (6/9)   -     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1084 NGTH   0.5408     (6/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1120 NNTV   0.5803     (6/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1144 NHTS   0.3828     (8/9)   -     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1149 NVSL   0.4879     (5/9)   -     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1159 NASV   0.5021     (3/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1180 NESL   0.5770     (7/9)   +     
;ADK66841.1_NA   25 NKSP   0.1462     (9/9)   ---   
;ADK66841.1_NA   66 NLTW   0.7837     (9/9)   +++   
;ADK66841.1_NA  116 NTTQ   0.7013     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  126 NGTH   0.7112     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  163 NCTY   0.7620     (9/9)   +++   
;ADK66841.1_NA  173 NIST   0.6556     (8/9)   +     
;ADK66841.1_NA  231 NITY   0.7442     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  273 NGTI   0.7109     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  322 NITQ   0.6116     (8/9)   +     
;ADK66841.1_NA  334 NITS   0.7296     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  361 NSSA   0.5388     (6/9)   +     
;ADK66841.1_NA  462 NPSG   0.4656     (5/9)   -     
;ADK66841.1_NA  541 NSTK   0.5883     (8/9)   +     
;ADK66841.1_NA  590 NASS   0.5643     (6/9)   +     
;ADK66841.1_NA  603 NCTD   0.7117     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  646 NSSY   0.5467     (4/9)   +     
;ADK66841.1_NA  665 NVSS   0.7980     (9/9)   +++   
;ADK66841.1_NA  695 NNTI   0.4537     (5/9)   -     
;ADK66841.1_NA  703 NFSI   0.5613     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  787 NFSQ   0.6209     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA 1060 NFTT   0.4540     (6/9)   -     
;ADK66841.1_NA 1084 NGTH   0.5408     (6/9)   +     
;ADK66841.1_NA 1120 NNTV   0.5803     (6/9)   +     
;ADK66841.1_NA 1144 NHTS   0.3828     (8/9)   -     
;ADK66841.1_NA 1149 NVSL   0.4879     (5/9)   -     
;ADK66841.1_NA 1159 NASV   0.5021     (3/9)   +     
;ADK66841.1_NA 1180 NESL   0.5770     (7/9)   +

当有一个正值时，这个文件向我报告:只有0.7 >=是正值。文本文件有两个部分:一个用于YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2，另一个用于ADK66841.1_NA。当您计算每个部分中的正值(7>=)数时，每个部分有9个正值。我有很多这样的文件，包含数百个部分，因此，我要求了解Perl中的一个脚本来计算这些值。这是一个脚本：

代码语言：javascript
复制
use strict;
use warnings;

my $cnt = {};
while(my $line = <STDIN>) {
    if($. == 1) {
        next;
    }else {
        my @cols = split(m{\s+},$line);
        if(@cols == 6) {
            my $potential = $cols[3];
            my $id = $cols[0];
            $id =~ s{^\;}{};
            if(0.7 >= $potential) {
                $cnt->{$id}++;
            };
        };
    };
};

my @ids_found = sort { $a cmp $b } (keys %$cnt);

for my $id (@ids_found) {
    print "PART $id:\n";
    print "$cnt->{$id} (values 0.7 >=)\n";
};

但是，我注意到输出中有一个错误。产出：

代码语言：javascript
复制
$ cat Test00.txt | perl File_for_count_values.pl 
PART ADK66841.1_NA:
18 (values 0.7 >=)
PART YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2:
18 (values 0.7 >=)

输出看起来不像我想要的那样，当计算这个脚本的值时，加上每个部分(9 +9= 18)的正值。产出必须是：

代码语言：javascript
复制
$ cat Test00.txt | perl File_for_count_values.pl 
PART ADK66841.1_NA:
9 (values 0.7 >=)
PART YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2:
9 (values 0.7 >=)

对于脚本中必须改变什么才能做到这一点，有什么想法吗？

欢迎任何评论。

perl
text-files
EN

回答 2

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2021-04-26 18:26:45

您的代码计算小于或等于 0.7的值。

如果我改变了：

代码语言：javascript
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        if(0.7 >= $potential) {

至：

代码语言：javascript
复制
        if(0.7 <= $potential) {

然后每个部分我得到9个。输出：

代码语言：javascript
复制
PART ADK66841.1_NA:
9 (values 0.7 >=)
PART YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2:
9 (values 0.7 >=)
票数 2
EN

Stack Overflow用户

发布于 2021-04-26 21:20:17

请研究以下重新编写的perl脚本以获得有用性。

注意:原始代码基于指令if($. == 1)假设头--参见$。。

实现了一些更改，以提高脚本的可读性。

  • 在脚本顶部定义的变量$threshold
  • 跳过带有next unless $. > 1的头/第一行(除非行计数器超过一个)
  • 分隔行不仅在空格上，而且还在;上，以避免替代
  • $id，$potential在一条指令中由@cols数组填充
  • 在;之前调整为第一个字段的字段号将为空
  • 用于格式化输出的带有格式化的格式化

注意:参见$~，它为write输出定义当前格式，用于关闭表

此脚本使用__DATA__块，最初发布的数据用于输出演示。

用while( <> )代替while( <DATA> )修改代码，允许您接受来自STDIN的输入，或者指定文件名作为脚本的参数(以./script.pl file.dat形式运行)。

代码语言：javascript
复制
#!/usr/bin/env perl
#
# vim: ai ts=4 sw=4

use strict;
use warnings;

my($id,$counter);
my $treshold = 0.7;

while( <DATA> ) {
    chomp;
    next unless $. > 1;
    my @cols = split("[; ]+", $_);
    next unless @cols == 7;
    my($id,$potential) = @cols[1,4];
    $counter->{$id}++ if $potential >= $treshold;
}

my @sorted_ids = sort { $a cmp $b } keys %$counter;

for $id (@sorted_ids) {
    write;
}

$~ = "STDOUT_BOTTOM";
write;

exit 0;

format STDOUT_TOP =

Criteria:          potential >= @#.##
$treshold

+-----------------------------+-------+
| Part                        | Count |
+-----------------------------+-------+
.

format STDOUT =
| @<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< | @>>>> |
$id,$counter->{$id}
.

format STDOUT_BOTTOM =
+-----------------------------+-------+

.

__DATA__
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2   25 NKSP   0.1462     (9/9)   ---   
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2   66 NLTW   0.7837     (9/9)   +++   
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  116 NTTQ   0.7013     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  126 NGTH   0.7112     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  163 NCTY   0.7620     (9/9)   +++   
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  173 NIST   0.6556     (8/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  231 NITY   0.7442     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  273 NGTI   0.7109     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  322 NITQ   0.6116     (8/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  334 NITS   0.7296     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  361 NSSA   0.5388     (6/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  462 NPSG   0.4656     (5/9)   -     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  541 NSTK   0.5883     (8/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  590 NASS   0.5643     (6/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  603 NCTD   0.7117     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  646 NSSY   0.5467     (4/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  665 NVSS   0.7980     (9/9)   +++   
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  695 NNTI   0.4537     (5/9)   -     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  703 NFSI   0.5613     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2  787 NFSQ   0.6209     (9/9)   ++    
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1060 NFTT   0.4540     (6/9)   -     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1084 NGTH   0.5408     (6/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1120 NNTV   0.5803     (6/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1144 NHTS   0.3828     (8/9)   -     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1149 NVSL   0.4879     (5/9)   -     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1159 NASV   0.5021     (3/9)   +     
;YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp2 1180 NESL   0.5770     (7/9)   +     
;ADK66841.1_NA   25 NKSP   0.1462     (9/9)   ---   
;ADK66841.1_NA   66 NLTW   0.7837     (9/9)   +++   
;ADK66841.1_NA  116 NTTQ   0.7013     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  126 NGTH   0.7112     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  163 NCTY   0.7620     (9/9)   +++   
;ADK66841.1_NA  173 NIST   0.6556     (8/9)   +     
;ADK66841.1_NA  231 NITY   0.7442     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  273 NGTI   0.7109     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  322 NITQ   0.6116     (8/9)   +     
;ADK66841.1_NA  334 NITS   0.7296     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  361 NSSA   0.5388     (6/9)   +     
;ADK66841.1_NA  462 NPSG   0.4656     (5/9)   -     
;ADK66841.1_NA  541 NSTK   0.5883     (8/9)   +     
;ADK66841.1_NA  590 NASS   0.5643     (6/9)   +     
;ADK66841.1_NA  603 NCTD   0.7117     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  646 NSSY   0.5467     (4/9)   +     
;ADK66841.1_NA  665 NVSS   0.7980     (9/9)   +++   
;ADK66841.1_NA  695 NNTI   0.4537     (5/9)   -     
;ADK66841.1_NA  703 NFSI   0.5613     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA  787 NFSQ   0.6209     (9/9)   ++    
;ADK66841.1_NA 1060 NFTT   0.4540     (6/9)   -     
;ADK66841.1_NA 1084 NGTH   0.5408     (6/9)   +     
;ADK66841.1_NA 1120 NNTV   0.5803     (6/9)   +     
;ADK66841.1_NA 1144 NHTS   0.3828     (8/9)   -     
;ADK66841.1_NA 1149 NVSL   0.4879     (5/9)   -     
;ADK66841.1_NA 1159 NASV   0.5021     (3/9)   +     
;ADK66841.1_NA 1180 NESL   0.5770     (7/9)   +

输出

代码语言：javascript
复制
Criteria:          potential >=  0.70

+-----------------------------+-------+
| Part                        | Count |
+-----------------------------+-------+
| ADK66841.1_NA               |     9 |
| YP_003858584.1_BtCoVBM48_gp |     9 |
+-----------------------------+-------+

注意：

您在GitHub上推荐我的文件不包括数据文件中的前导;。由于这个原因，数字字段的计数减少了1，导致没有得到任何结果。

请对perl脚本进行以下更改：

代码语言：javascript
复制
       next unless @cols == 7;
       my($id,$potential) = @cols[1,4];

至

代码语言：javascript
复制
       next unless @cols == 6;
       my($id,$potential) = @cols[0,3];
票数 2
EN
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/67271710

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