从xyz文件中计数不同分子的数量

Question

我对蟒蛇很陌生。我有一个xyz文件，它有我系统中所有原子的坐标。我的系统由几个由这些原子组成的不同分子组成。我需要计算这个系统中不同分子的数量，对于每个人来说，分子A的总数，B分子的总数等等。我已经包括了这个文件的快照。橙色、黄色和蓝色是不同的分子--类似于橙色部分( PBIIII分子)，我也有一些是PBIII。如何从xyz文件中计算每种类型的不同分子？在这里输入图像描述

Answer 1

import csv
elements = []
with open("compound.xyz", 'r') as csvfile:
    csvreader = csv.reader(csvfile)
    for i, row in enumerate(csvreader):
        if i > 1:
            elements.append(row[0].split()[0])
elementnames = set(elements)
counts = []
for elementname in elementnames:
    counts.append(elements.count(elementname))

zipped = list(zip(elementnames, counts))
print(zipped)