将zarr目录存储转换为zip存储

Question

代码：

store = zarr.ZipStore("/mnt/test.zip", "r")

问题描述:嗨，麻烦你，我在ZipStorage：Alternatively, use a DirectoryStore when writing the data, then manually Zip the directory and use the Zip file for subsequent reads.的正式文档中找到了这个声明

我正在尝试将DirectoryStorage格式的Zarr数据集转换为ZipStorage。我使用Linux中提供的zip操作。zip -r test.zip test.zarr这里test.zarr是一个目录存储数据集，包括三个组。但是，当我尝试使用上面的代码打开它时，获得如下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/eddie/miniconda3/envs/train/lib/python3.8/site-packages/zarr/storage.py", line 1445, in __init__
    self.zf = zipfile.ZipFile(path, mode=mode, compression=compression,
  File "/home/eddie/miniconda3/envs/train/lib/python3.8/zipfile.py", line 1190, in __init__
    _check_compression(compression)
  File "/home/eddie/miniconda3/envs/train/lib/python3.8/zipfile.py", line 686, in _check_compression
    raise NotImplementedError("That compression method is not supported")
NotImplementedError: That compression method is not supported

我想知道我的压缩方法是否错了，以及是否有一些变通方法可以将目录存储转换为zip存储或其他DB格式，因为当组数增加时，以前的存储有那么多节点，传输也不太方便。提前谢谢。

Version and installation information
Value of zarr.__version__: 2.8.1
Value of numcodecs.__version__: 0.7.3
Version of Python interpreter: 3.8.0
Operating system (Linux/Windows/Mac): linux ubuntu 18.04
How Zarr was installed: pip

Answer 1

因为zarr已经使用压缩，所以在创建zip存档时不需要使用压缩。也就是说，您可以使用zip -r -0将文件存储在压缩存档中，而不需要压缩。

此外，您可能需要小心存储在zip存档中的路径。例如，如果我在某个目录"/path/ to /foo“中有一个zarr层次结构，并且希望将其存储到"/path/to/bar.zip”的zip文件中，我会这样做：

cd /path/to/foo
zip -r0 /path/to/bar.zip

这确保了zip存档中存储的路径相对于原始根目录。

Answer 2

在使用-r0选项进行压缩之后，您可以尝试使用store = zarr.ZipStore("/mnt/test.zip")，这样就不会再得到错误了。