在两个单独的数据中查找匹配的r函数？

Question

我在R程序中是新的，所以我搜索了很多，但找不到我想要的东西。

我有两张数据，就像；

数据1：

Accession `Gene Symbol`  `siCON-1` `siCON-2` `siCON-3` `siTR-1` `siTR-2` `siTR-3` `log2(siTR/s~   p_val `-log10(t.test si~
  <chr>     <chr>              <dbl>     <dbl>     <dbl>        <dbl>        <dbl>        <dbl>             <dbl>   <dbl>              <dbl>
1 Q14258    TRIM25            2283.     2570.     2749.         489          498.         480.             -2.37  1.14e-4              3.94 
2 Q9P035    PTPLAD1; HACD3    1080.      857.     1060.         338.         439.         264              -1.52  1.74e-3              2.76 
3 Q9NP99    TREM1               45.7      NA        65.3         55           32.7          3.2            -0.873 3.10e-1              0.508
4 P35226    BMI1; COMMD3-~      46.3      42.6      36.1         12.3         23.7         12.6            -1.36  6.03e-3              2.22 
5 Q14117    DPYS                44.9      NA        73.1         51.7         36.9          0.8            -0.985 2.79e-1              0.554
6 Q6IAN0    DHRS7B             173.      149.      213.          92.3         73.7         62.6            -1.22  7.77e-3              2.11 

数据2：

      V1            V2                                                  V3                     V4  V5           V6
1 A0A075B6P5  R-HSA-109582  https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-109582             Hemostasis TAS Homo sapiens
2 A0A075B6P5 R-HSA-1280218 https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-1280218 Adaptive Immune System TAS Homo sapiens
3 A0A075B6P5 R-HSA-1280218 https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-1280218 Adaptive Immune System IEA Homo sapiens
4 A0A075B6P5 R-HSA-1643685 https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-1643685                Disease TAS Homo sapiens
5 A0A075B6P5 R-HSA-1643685 https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-1643685                Disease IEA Homo sapiens
6 A0A075B6P5  R-HSA-166658  https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-166658     Complement cascade TAS Homo sapiens

我只想从表2的表1中搜索每个登录ID，如果匹配，我想将表2中的V2和V4复制到表1中。

我该怎么做？提前谢谢。

编辑:不好意思混淆了，加入是匹配的，V1是第二数据的匹配。

我想把“Q14258”作为一个例子，从第一个dataframe到第二个dataframe V1，如果有匹配的话，我想从第二个dataframe获取V2和V4，并在dataframe 1中添加新的列。我希望这样可以清除它。

Edit2:我使用了这段代码

matches <- match(dataframe1$Accession,dataframe2$V1)

我可以找到地点，但后来我坚持了下来。

 [1]  87059 130058 126612  50691  86417  97429  80338     NA     NA  34876 132613 138390  86681  48874     NA     NA     NA 121653     NA
  [20]  83210     NA     NA  22832  98354 104386  80531  11963    338     NA  58060  50032  12127 133036  11434 111307  26229     NA  89105
  [39] 107669   2329  57826     NA  12101  35659     NA 100915     NA 119519     NA     NA  92556 128938  13341 130104 133727 103605     NA
  [58] 105145 124370  27343     NA 100357  47092  93135  39138  66942     NA  23662 116234     NA  85757     NA 125647     NA     NA     NA
  [77]  59705     NA 109960  44700 135309 121942     NA  74508     NA     NA 111882  15365  94138 122808 137613  58407  28641     NA 110505
  [96]  76572     NA 104295     NA 130022  71937  63190 101249 113658 133776  36281     NA  61907  56843     NA  94265  24763 119085  81442
 [115]     NA     NA  89343     NA     NA 100597     NA   4782 131283  88704     NA     NA  67450  57507 118512  10851     NA  12182  58482

Answer 1

当您想要组合两个数据文件时，就需要使用一个join。

我做了一些例子数据，因为我不确定我是否理解你的数据在问题中。我知道Accession在df1中和V1在df2中是一样的。

library(tidyverse)

df1 <- tribble(
    ~Accession, ~GeneSymbol,
        'Q1', 'TRIM25',
        'Q2', 'PTPLAD1',
        'Q3', 'TREM1' )
df2 <- tribble(
    ~V1, ~V2,
    'Q1', 'R-HSA-109581',
    'Q2', 'R-HSA-109582',
    'Q4', 'R-HSA-109583',
    'Q5', 'R-HSA-109584',
    'Q6', 'R-HSA-109585' )
)

如何进行连接取决于您想要什么。对于inner_join()，结果包含df1和df2中的键(Accession)。

​

​

df1 %>% 
    inner_join(df2, by=c("Accession" = "V1"))

加入GeneSymbol V2 1 Q1 TRIM25 R-HSA-109581 2 Q2 PTPLAD1 R-HSA-109582

left_join()将所有键保存在df1 (Accession)中，并从具有匹配键的df2中添加列。它将NA作为df1中键的新列，而在df2中没有匹配。

df1 %>% 
    left_join(df2, by=c("Accession" = "V1"))

加入GeneSymbol V2 1 Q1 TRIM25 R-HSA-109581 2 Q2 PTPLAD1 R-HSA-109582 3 Q3 TREM1 NA

还有其他类型的连接。查看哈德利韦翰( Hadley Wickham)书中的信息。