有什么方法可以解决或停止cardinality_threshold中的错误问题？

Question

我有大约17个土壤变量，我想把它们与海拔、温度和降雨量与物种丰富度和丰富度进行关联。我有39个样地(行)和列包含，环境变量，如海拔，丰度，物种丰富度，温度，降雨，然后是土壤变量列表(17列)。下面是我的剧本。

我的脚本有问题吗?还是我正在使用的mac的笔记本兼容问题？请帮帮忙。谢谢

运行代码后，我将得到以下错误：

Stop_if_high_cardinality中的错误(数据、列、cardinality_threshold)：

列'pH‘的级别(24)大于允许的阈值(15)。请删除该列或增加“cardinality_threshold”参数。增加cardinality_threshold可能会产生较长的处理时间

  GGally::ggpairs(
    na.omit(nfi_nontree_soilclim_data[, c(11:18)]),
    upper = list(
      continuous = wrap(
        custom_ggally_cor,
        method = "spearman", exact = FALSE,
        size = 2.5, col = "black", family = "serif", digits = 2
      ), combo = "box_no_facet", discrete = "count", na = "na"
    ),
    lower = list(
      continuous = wrap(
        ggally_smooth,
        method = "loess", formula = y ~ x,
        se = F, lwd = 3, col = "red", shrink = T
      ), combo = "facethist", discrete = "facetbar", na = "na"
    ),
    diag = list(
      continuous = wrap(
        ggally_densityDiag,
        col = "darkgrey", lwd = .1,
        stat = "density", fill = "darkgrey"
      ), continuous = "densityDiag", na = "naDiag"
    ), axisLabels = c("show")
  ) + theme_bw() + theme(
    text = element_text(family = "serif", size = 4),
    axis.text = element_text(family = "serif", size = 4),
    panel.grid = element_blank()
  )```

Answer 1

此错误是内置的停止，因为默认参数设置为只允许在一个图中显示一个变量的15个级别。其中一个变量有24个级别，因此可以将参数(即cardinality_threshold )调整为24，也可以将其设置为NULL。如果24的值不总是相同的，那么Null可能更具有通用性。但总体来说，这一数量的水平在一次描绘将被劝阻，并有这些限制。

library(GGally)

data(iris)

创建具有超过15个级别的因子的数据

iris$group = as.factor(sample(sample(letters,16), 150, replace = TRUE))

只是证明这两个条目都能起作用

ggpairs(iris, cardinality_threshold = 16) 

ggpairs(iris, cardinality_threshold = NULL)