如何从RNAseq数据中搜索稀疏矩阵中的特定条码读取

Question

我有一个表示RNAseq结果的大型稀疏矩阵，其中列是不同的条形码，行是不同的特性。有一个条形码子集，我想提取，以供进一步分析。我有一个表，其中包含我想提取的特定条形码号码。我该怎么做呢？

例如，稀疏矩阵如下所示

subset_SeuratObj_acti@assays$RNA1:2,1:3 2×3稀疏矩阵"dgCMatrix“_AAACCCATCAGGAACG-1 FemaleN_AAAGAACGTCGTCGGT 1 FemaleN_AAAGAACTCCCTCTAG 1 Xkr4 2.191203 3.280295 1.582166 Gm18956。。。

我想提取的条形码子集在下表中。

总计1:4，1:2 orig.ident nCount_RNA FemaleN_AAACCCATCAGGAACG-1 PeriLC_FemaleN 12585 FemaleN_AAAGAACGTCGTCGGT 1 PeriLC_FemaleN 6254 FemaleN_AAAGAACTCCCTCTAG 1 PeriLC_FemaleN 10348 FemaleN_AAAGGATCATCGAGCC 1 PeriLC_FemaleN 8246

我想提取的具体条形码是FemaleN_AAAGAACGTCGTCGGT-1等等。

知道怎么做吗？提前感谢！

Answer 1

我解决了。会以这种方式解决的。希望它对其他人有帮助。

a<-colname(subset_SeuratObj_acti@assays$RNA)b<-row.name(总计) c=is.element(a，b) d<-acti_SeuratObj_acti@acti$RNA，c