码头集装箱内的Micromamba

Question

我有一个基本的码头形象：

FROM ubuntu:21.04

WORKDIR /app

RUN apt-get update && apt-get install -y wget bzip2 \
    && wget -qO-  https://micromamba.snakepit.net/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba \
    && touch /root/.bashrc \
    && ./bin/micromamba shell init -s bash -p /opt/conda  \
    && cp /root/.bashrc /opt/conda/bashrc \
    && apt-get clean autoremove --yes \
    && rm -rf /var/lib/{apt,dpkg,cache,log}

SHELL ["bash", "-l" ,"-c"]

并从中衍生出另一种：

ARG BASE
FROM $BASE

RUN source /opt/conda/bashrc && micromamba activate \
    && micromamba create --file environment.yaml -p /env

在构建第二个映像时，我得到以下错误: RUN部分的micromamba: command not found。

1. 如果我手动运行1 base映像，我可以启动micromamba，它正在正确运行。
2. 我可以运行临时图像，这是为第二图像创建，微曼巴是可用的通过CLI，运行正确。
3. 例如，如果我继承debian:buster或高山，那么它正在完美地构建。

Ubuntu有什么问题？为什么在第二码头形象建设中看不到micromamba？

PS使用脚手架进行建筑，这样才能正确理解，$BASE在哪里，它是什么。

Answer 1

ubuntu:21.04映像附带了一个以以下开头的/root/.bashrc文件：

# ~/.bashrc: executed by bash(1) for non-login shells.
# see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files (in the package bash-doc)
# for examples

# If not running interactively, don't do anything
[ -z "$PS1" ] && return

当第二个Dockerfile执行RUN source /opt/conda/bashrc时，没有设置PS1，因此bashrc文件的其余部分不执行。bashrc文件的其余部分是进行micromamba初始化的地方，包括用于激活micromamba环境的micromamba bash函数的设置。

debian:buster映像有一个更小的/root/.bashrc，它没有类似于[ -z "$PS1" ] && return的行，因此会加载micromamba函数。

高寒图像不附带/root/.bashrc，因此它也不包含提前退出文件的代码。

如果您想使用ubuntu:21.04映像，可以首先修改您的Dockerfile，如下所示：

FROM ubuntu:21.04

WORKDIR /app

RUN apt-get update && apt-get install -y wget bzip2 \
    && wget -qO-  https://micromamba.snakepit.net/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba \
    && touch /root/.bashrc \
    && ./bin/micromamba shell init -s bash -p /opt/conda  \
    && grep -v '[ -z "\$PS1" ] && return' /root/.bashrc  > /opt/conda/bashrc   # this line has been modified \
    && apt-get clean autoremove --yes \
    && rm -rf /var/lib/{apt,dpkg,cache,log}

SHELL ["bash", "-l" ,"-c"]

这将删除导致提前终止的一行。

或者，您可以使用现有的曼巴格/微曼巴坞映像。mambaorg/micromamba:latest是基于debian:瘦的，但是mambaorg/micromamba:jammy会给你一个基于ubuntu的映像(公开:我维护这个映像)。