如何通过清单文件将.qz文件从illumina排序导入qiime2？

Question

我的数据来自16S基因测序，通过伊利米纳，它是成对末端，解复用器，没有条形码。我查看了qiime2导入指南，看起来我必须创建一个清单文件，但我不知道该如何做。我的数据结构为一些control_1_R1.fq、Control_1_R2.fq、control_2_R1.fq、Control_2_R2.fq、Data_3_R1.fq、Data_3_R2.fq、Data_4_R1.fq、Data_4_R2.fq.fq...etc。如果答案不是生成清单文件，那么我如何才能将these.fq解复用器的配对结束序列转换为qiime2的qza文件？

Answer 1

fastq.gz文件看起来像

1. 我使用的软件版本是: Qiime2 2021.4
2. 文件类型与您的相同:双端解复用fastq。
3. /data是所有配对尾读文件所在的文件夹的名称。
4. 您应该在终端上运行的代码是:齐姆工具导入类型'SampleDataPairedEndSequencesWithQuality‘输入路径/数据输入格式CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt输出路径demux.qza。
5. 您不需要有一个清单文件，但是您需要一个元数据文件，其中包含一个名为Sample_ID的列，通常它应该是metadata.tsv或metadata.txt文件中的第一列。元数据文件如下所示：15岁-17n5W5tiqPY/编辑#gid=0