tidymodels的Logistic回归:如何在event_level ()中设置last_fit ="second“？

Question

我正在建立一个逻辑回归模型，其中包含两个类别的结果变量: a_category / z_category，我有以下问题：

1. 我对使用自变量来预测"z_category“很感兴趣，因此我的参考类别应该是"a_category”。"a_category“是变量中的第一个类别，因此没有必要重新调整我的结果类别，这可能是代码：

分裂：

splits<- initial_split(df1, strata = c(outcome), prop = 3/4)
training_set <- training(splits)
test_set  <- testing(splits)

配方：

      glm_rec <-
      recipe(outcome~., data=training_set) %>% 
      step_zv(all_predictors()) %>% 
      step_normalize(all_predictors()) %>% 
      step_dummy(all_nominal(), -all_outcomes())

型号规格：

glm_spec <- 
  logistic_reg() %>% 
  set_engine("glm") 

工作流程：

glm_final_wf <- 
  workflow() %>% 
  add_model(glm_spec) %>% 
  add_recipe(glm_rec)

我说的对吗？

1. 内部验证和roc曲线:我使用event_level = "second“来计算度量，使用标尺函数计算roc曲线：

# metrics
glm_internalval_res <- glm_final_wf %>% 
  fit_resamples(
    resamples = vfold_cv(training_set, 
                                  v= 10, 
                                  repeats = 2, 
                                  strata = outcome),
    control = control_resamples(save_pred = TRUE, event_level = "second"),
    metrics = metric_set(
      yardstick::roc_auc, 
      yardstick::accuracy,
      yardstick::sens, 
      yardstick::spec,
      yardstick::precision, 
      yardstick::ppv,
      yardstick::npv)
      )

# ROC curve
glm_internalval_res %>%
  collect_predictions()%>%
  group_by(id, id2) %>%
  roc_curve(truth=outcome, 
            .pred_z_category,
            event_level = "second"
            ) %>%
   autoplot()

我说的对吗？

1. 外部验证，last_fit。我找不到如何设置event_level=“第二”。当我尝试：

glm_externalval_res <- 
  last_fit(glm_final_wf, 
           splits,
           metrics = metric_set(yardstick::roc_auc, 
      yardstick::accuracy,
      yardstick::sens, 
      yardstick::spec,
      yardstick::precision, 
      yardstick::ppv,
      yardstick::npv)
  )

使用这个块，度量被引用到第一类"a_category"，我认为这是不正确的。

我想知道如何向last_fit表明我感兴趣的类别是"z_category“。我在包裹里找不到答案。

谢谢。

拉斐尔。

Answer 1

一个选项是为第二个事件设置全局选项：

前0.0.7

options(yardstick.event_first = FALSE)

0.0.7员额：

options(yardstick.event_level = 'second')